De Aquino S.O., Tournebize R., Marraccini P., Mariac Cédric, Couderc Marie, Bethune Kevin, Cubry Philippe, Andrade A.C., Darracq O., Lepelley M., Crouzillat D., Kiwuka C., Anten N., Manel S., François O., Vigouroux Yves, Kochko Alexandre de, Poncet Valérie. (2019). Genotipagem por enriquecimento e captura direcionada de genes candidatos em Coffea canephora.
6 p. [en ligne]. (Anais do Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil ; 10). Simposio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 10., Vitória (BRA), 2019/10/8-10. ISSN 1984-9249.
Titre du document
Genotipagem por enriquecimento e captura direcionada de genes candidatos em Coffea canephora
Année de publication
2019
Auteurs
De Aquino S.O., Tournebize R., Marraccini P., Mariac Cédric, Couderc Marie, Bethune Kevin, Cubry Philippe, Andrade A.C., Darracq O., Lepelley M., Crouzillat D., Kiwuka C., Anten N., Manel S., François O., Vigouroux Yves, Kochko Alexandre de, Poncet Valérie
Source
2019,
6 p. [en ligne] (Anais do Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil ; 10). ISSN 1984-9249
Colloque
Simposio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 10., Vitória (BRA), 2019/10/8-10
A captura direcionada de sequências acoplada ao sequenciamento de alto rendimento tornou-se um método poderoso para o estudo da variação de sequências genômicas. Usando o genoma disponível de C. canephora (tamanho estimado de 710 Mb/haplóide) como referência, projetamos sondas para 323 genes candidatos selecionados (CGs) visando capturar seus homeólogos em 293 acessos de C. canephorada Uganda, 12 clones do Brasil e um subconjunto de 19 indivíduos cobrindo todos os grupos de diversidade de C. canephora. Para um total de 324 indivíduos de C. canephora, projetamos, com sucesso, cerca de 19.000 sondas e identificamos mais de 16.000 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de qualidade, localizados dentro ou próximo a 318 genes anotados, gerando dados genotípicos para populações que estão localizadas em regiões que abrangem diferentes condições climáticas. Nós investigamos questões como desenho das sondas, cobertura do sequenciamento, eficiência da hibridização e captura,e estratégias de análise dos dados por bioinformática.
Plan de classement
Sciences du monde végétal [076]
Localisation
Fonds IRD [F B010078353]
Identifiant IRD
fdi:010078353
