Horizon / Plein textes La base de ressources documentaires de l'IRD



Publications des scientifiques de l'IRD

Tan E. Y. W., Quek Z. B. R., Neo M. L., Fauvelot Cécile, Huang D. W. (2021). Genome skimming resolves the giant clam (Bivalvia : Cardiidae : Tridacninae) tree of life. Coral Reefs, [Early access], [14 p.]. ISSN 0722-4028

Accès réservé (Intranet IRD) Demander le PDF

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1007/s00338-020-02039-w

Genome skimming resolves the giant clam (Bivalvia : Cardiidae : Tridacninae) tree of life
Année de publication2021
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000606165400001
AuteursTan E. Y. W., Quek Z. B. R., Neo M. L., Fauvelot Cécile, Huang D. W.
SourceCoral Reefs, 2021, [Early access], p. [14 p.]. p. [14 p.] ISSN 0722-4028
RésuméGiant clams are conspicuous bivalves inhabiting Indo-Pacific reefs. Since Rosewater’s seminal paper in 1965, the number of giant clam species described or resurrected has exactly doubled. The increased number of species reported and accessibility to genetic material of rare or uncommon species therefore call for a reappraisal of the phylogenetic relationships within the Tridacninae subfamily. Here, we aim to reconstruct the evolutionary relationships among all 12 extant species by performing a comprehensive phylogenetic analysis of mitochondrial genome and nuclear 18S rRNA data from a combination of genome skimming, Sanger sequencing and previously published sequences. Comparing the mitogenomes among Tridacninae species, we report two new findings: (1) the T. crocea mitogenome length obtained here (18,266 bp) is shorter than previously known, and (2) the mitochondrial gene order in T. crocea and T. squamosa differs from the other species. Our phylogeny based on a concatenated 16-gene dataset (15 mitochondrial markers and nuclear 18S rRNA) reveals highly supported relationships within and between the three subgenera, Tridacna (Tridacna), Tridacna (Persikima) and Tridacna (Chametrachea). Overall, the inclusion of new molecular markers greatly improves the confidence and support for the subfamily’s phylogeny. The availability of this comprehensive phylogenetic dataset serves as the foremost baseline of Tridacninae relationships to support future studies examining giant clam systematics, ecology and conservation.
Plan de classementLimnologie biologique / Océanographie biologique [034] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
LocalisationFonds IRD [F B010080593]
Identifiant IRDfdi:010080593
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010080593

Export des données

Disponibilité des documents

Télechargment fichier PDF téléchargeable

Lien sur le Web lien chez l'éditeur

Accès réservé en accès réservé

HAL en libre accès sur HAL

Accès aux documents originaux :

Le FDI est labellisé CollEx

Accès direct

Bureau du chercheur

Site de la documentation

Espace intranet IST (accès réservé)

Suivi des publications IRD (accès réservé)

Mentions légales

Services Horizon

Poser une question

Consulter l'aide en ligne

Déposer une publication (accès réservé)

S'abonner au flux RSS

Voir les tableaux chronologiques et thématiques

Centres de documentation


Montpellier (centre IRD)

Montpellier (MSE)









La Paz