Computer-assisted selection of restriction enzymes for rrs genes PCR-RFLP discrimination of rhizobial species

1998

Article

Neyra Marc, Khbaya B., Lajudie Philippe de, Dreyfus Bernard, Normand P.

Colloque BRG/USTL : méthodologies de gestion et de conservation des ressources génétiques = methodologies of genetic resources management and conservation

Genetics Selection Evolution, 1998, 30 (suppl. 1), p. 297-309 ISSN 0999-193X

Méthodologies de Gestion et de Conservation des Ressources Génétiques : Colloque BRG/USTL = Methodologies of Genetic Resources Management and Conservation, Lille (FRA), 1997/10/08-10

L'analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction d'ADN amplifié (PCR-RFLP) présente de nombreux avantages pour la caractérisation de la diversité microbienne : relative rapidité, faible coût, possibilité d'application à l'ensemble des taxons bactériens, bonne reproductibilité, possibilité d'analyse simultanée d'un grand nombre de souches, intérêt au niveau taxonomique. Afin d'optimiser son usage, nous avons cherché à déterminer combien d'enzymes et lesquels étaient le plus approprié, en effectuant une analyse systématique par ordinateur de la capacité de 25 enzymes de restriction différentes à générer par PCR-RFLP, seules ou en combinaison, des profils de digestion permettant la distinction d'espèces proches taxonomiquement. La sous-unité 16S de l'ARN ribosomal (rrs, pour ribosomal RNA small subunit) a été choisie pour simuler ces PCR-RFLP : elle correspond à la région la plus fréquemment étudiée et permet en général une bonne discrimination au niveau de l'espèce ; de plus, de nombreuses séquences rrs sont disponibles dans les banques de données. L'étude a été focalisée sur les rhizobia qui représentent un bon modèle de genres différents, entremêlés avec d'autres genres très proches taxonomiquement, et parce que leur importance en agriculture induit la nécessité d'outils performants pour la caractérisation de grands nombres de nouveaux isolats. La digestion de 24 séquences rrs correspondant aux souches-types de différentes espèces a été simulée par ordinateur. Les profils de digestion obtenus pour les différentes séquences ont été comparés deux par deux afin de déterminer le nombre de profils distincts générés par chaque enzyme individuellement ou par les combinaisons systématiques de 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 enzymes. Différentes combinaisons de 3, 4 ou 5 enzymes permettent la distinction entre les espèces... (D'après résumé d'auteur)

Biologie [020BIOL]

MICROBIOLOGIE ; BACTERIE ; DETERMINATION ; DIVERSITE GENETIQUE ; ADN ; TECHNIQUE PCR ; TECHNIQUE RFLP ; ENZYME DE RESTRICTION

Fonds IRD [F B010016156]

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