@article{fdi:010016156,
  title = {{C}omputer-assisted selection of restriction enzymes for rrs genes {PCR}-{RFLP} discrimination of rhizobial species},
  author = {{N}eyra, {M}arc and {K}hbaya, {B}. and {L}ajudie, {P}hilippe de and {D}reyfus, {B}ernard and {N}ormand, {P}.},
  editor = {},
  language = {{ENG}},
  abstract = {{L}'analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction d'{ADN} amplifi{\'e} ({PCR}-{RFLP}) pr{\'e}sente de nombreux avantages pour la caract{\'e}risation de la diversit{\'e} microbienne : relative rapidit{\'e}, faible coût, possibilit{\'e} d'application {\`a} l'ensemble des taxons bact{\'e}riens, bonne reproductibilit{\'e}, possibilit{\'e} d'analyse simultan{\'e}e d'un grand nombre de souches, int{\'e}r{\^e}t au niveau taxonomique. {A}fin d'optimiser son usage, nous avons cherch{\'e} {\`a} d{\'e}terminer combien d'enzymes et lesquels {\'e}taient le plus appropri{\'e}, en effectuant une analyse syst{\'e}matique par ordinateur de la capacit{\'e} de 25 enzymes de restriction diff{\'e}rentes {\`a} g{\'e}n{\'e}rer par {PCR}-{RFLP}, seules ou en combinaison, des profils de digestion permettant la distinction d'esp{\`e}ces proches taxonomiquement. {L}a sous-unit{\'e} 16{S} de l'{ARN} ribosomal (rrs, pour ribosomal {RNA} small subunit) a {\'e}t{\'e} choisie pour simuler ces {PCR}-{RFLP} : elle correspond {\`a} la r{\'e}gion la plus fr{\'e}quemment {\'e}tudi{\'e}e et permet en g{\'e}n{\'e}ral une bonne discrimination au niveau de l'esp{\`e}ce ; de plus, de nombreuses s{\'e}quences rrs sont disponibles dans les banques de donn{\'e}es. {L}'{\'e}tude a {\'e}t{\'e} focalis{\'e}e sur les rhizobia qui repr{\'e}sentent un bon mod{\`e}le de genres diff{\'e}rents, entrem{\^e}l{\'e}s avec d'autres genres tr{\`e}s proches taxonomiquement, et parce que leur importance en agriculture induit la n{\'e}cessit{\'e} d'outils performants pour la caract{\'e}risation de grands nombres de nouveaux isolats. {L}a digestion de 24 s{\'e}quences rrs correspondant aux souches-types de diff{\'e}rentes esp{\`e}ces a {\'e}t{\'e} simul{\'e}e par ordinateur. {L}es profils de digestion obtenus pour les diff{\'e}rentes s{\'e}quences ont {\'e}t{\'e} compar{\'e}s deux par deux afin de d{\'e}terminer le nombre de profils distincts g{\'e}n{\'e}r{\'e}s par chaque enzyme individuellement ou par les combinaisons syst{\'e}matiques de 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 enzymes. {D}iff{\'e}rentes combinaisons de 3, 4 ou 5 enzymes permettent la distinction entre les esp{\`e}ces... ({D}'apr{\`e}s r{\'e}sum{\'e} d'auteur)},
  keywords = {{MICROBIOLOGIE} ; {BACTERIE} ; {DETERMINATION} ; {DIVERSITE} {GENETIQUE} ; {ADN} ; {TECHNIQUE} {PCR} ; {TECHNIQUE} {RFLP} ; {ENZYME} {DE} {RESTRICTION}},
  booktitle = {{C}olloque {BRG}/{USTL} : m{\'e}thodologies de gestion et de conservation des ressources g{\'e}n{\'e}tiques = methodologies of genetic resources management and conservation},
  journal = {{G}enetics {S}election {E}volution},
  volume = {30},
  numero = {suppl. 1},
  pages = {297--309},
  ISSN = {0999-193{X}},
  year = {1998},
  DOI = {10.1051/gse:19980718},
  URL = {https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010016156},
}