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Chevenet François, Castel G., Jousselin E., Gascuel O. (2019). PastView : a user-friendly interface to explore ancestral scenarios. BMC Evolutionary Biology, 19 (1), art. 163 [8 p.] ISSN 1471-2148

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers19-08/010076565.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1186/s12862-019-1490-4

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Titre
PastView : a user-friendly interface to explore ancestral scenarios
Année de publication2019
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000479274100002
AuteursChevenet François, Castel G., Jousselin E., Gascuel O.
SourceBMC Evolutionary Biology, 2019, 19 (1), art. 163 [8 p.] ISSN 1471-2148
RésuméBackground Ancestral character states computed from the combination of phylogenetic trees with extrinsic traits are used to decipher evolutionary scenarios in various research fields such as phylogeography, epidemiology, and ecology. Despite the existence of powerful methods and software in ancestral character state inference, difficulties may arise when interpreting the outputs of such inferences. The growing complexity of data (trees, annotations), the diversity of optimization criteria for computing trees and ancestral character states, the combinatorial explosion of potential evolutionary scenarios if some ancestral characters states do not stand out clearly from others, requires the design of new methods to explore associations of phylogenetic trees with extrinsic traits, to ease the visualization and interpretation of evolutionary scenarios. Result We developed PastView, a user-friendly interface that includes numerical and graphical features to help users to import and/or compute ancestral character states from discrete variables and extract ancestral scenarios as sets of successive transitions of character states from the tree root to its leaves. PastView provides summarized views such as transition maps and integrates comparative tools to highlight agreements or discrepancies between methods of ancestral annotations inference. Conclusion The main contribution of PastView is to assemble known numerical and graphical methods into a multi-maps graphical user interface dedicated to the computing, searching and viewing of evolutionary scenarios based on phylogenetic trees and ancestral character states. PastView is available publicly as a standalone software on .
Plan de classementSciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020] ; Informatique [122]
LocalisationFonds IRD [F B010076565]
Identifiant IRDfdi:010076565
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010076565

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