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Fan S. H., Kelly D. E., Beltrame M. H., Hansen M. E. B., Mallick S., Ranciaro A., Hirbo J., Thompson S., Beggs W., Nyambo T., Omar S. A., Meskel D. W., Belay G., Froment Alain, Patterson N., Reich D., Tishkoff S. A. (2019). African evolutionary history inferred from whole genome sequence data of 44 indigenous African populations. Genome Biology, 20, art. 82 [14 p.]. ISSN 1474-760X

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers19-05/010075637.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1186/s13059-019-1679-2

Titre
African evolutionary history inferred from whole genome sequence data of 44 indigenous African populations
Année de publication2019
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000465971200001
AuteursFan S. H., Kelly D. E., Beltrame M. H., Hansen M. E. B., Mallick S., Ranciaro A., Hirbo J., Thompson S., Beggs W., Nyambo T., Omar S. A., Meskel D. W., Belay G., Froment Alain, Patterson N., Reich D., Tishkoff S. A.
SourceGenome Biology, 2019, 20, p. art. 82 [14 p.]. p. art. 82 [14 p.] ISSN 1474-760X
RésuméBackgroundAfrica is the origin of modern humans within the past 300 thousand years. To infer the complex demographic history of African populations and adaptation to diverse environments, we sequenced the genomes of 92 individuals from 44 indigenous African populations.ResultsGenetic structure analyses indicate that among Africans, genetic ancestry is largely partitioned by geography and language, though we observe mixed ancestry in many individuals, consistent with both short- and long-range migration events followed by admixture. Phylogenetic analysis indicates that the San genetic lineage is basal to all modern human lineages. The San and Niger-Congo, Afroasiatic, and Nilo-Saharan lineages were substantially diverged by 160 kya (thousand years ago). In contrast, the San and Central African rainforest hunter-gatherer (CRHG), Hadza hunter-gatherer, and Sandawe hunter-gatherer lineages were diverged by similar to 120-100 kya. Niger-Congo, Nilo-Saharan, and Afroasiatic lineages diverged more recently by similar to 54-16 kya. Eastern and western CRHG lineages diverged by similar to 50-31 kya, and the western CRHG lineages diverged by similar to 18-12 kya. The San and CRHG populations maintained the largest effective population size compared to other populations prior to 60 kya. Further, we observed signatures of positive selection at genes involved in muscle development, bone synthesis, reproduction, immune function, energy metabolism, and cell signaling, which may contribute to local adaptation of African populations.ConclusionsWe observe high levels of genomic variation between ethnically diverse Africans which is largely correlated with geography and language. Our study indicates ancient population substructure and local adaptation of Africans.
Plan de classementSanté : généralités [050] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020] ; Démographie [108]
Descr. géo.AFRIQUE
LocalisationFonds IRD [F B010075637]
Identifiant IRDfdi:010075637
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010075637

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