Horizon / Plein textes La base de ressources documentaires de l'IRD

IRD

 

Publications des scientifiques de l'IRD

Tournebize Rémi, Poncet Valérie, Jakobsson M., Vigouroux Yves, Manel S. (2019). McSwan : a joint site frequency spectrum method to detect and date selective sweeps across multiple population genomes. Molecular Ecology Resources, 19 (1), 283-295. ISSN 1755-098X

Accès réservé (Intranet IRD) Demander le PDF

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1111/1755-0998.12957

Titre
McSwan : a joint site frequency spectrum method to detect and date selective sweeps across multiple population genomes
Année de publication2019
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000457579800022
AuteursTournebize Rémi, Poncet Valérie, Jakobsson M., Vigouroux Yves, Manel S.
SourceMolecular Ecology Resources, 2019, 19 (1), p. 283-295. ISSN 1755-098X
RésuméInferring the mode and tempo of natural selection helps further our understanding of adaptation to past environmental changes. Here, we introduce McSwan, a method to detect and date past and recent natural selection events in the case of a hard sweep. The method is based on the comparison of site frequency spectra obtained under various demographic models that include selection. McSwan demonstrated high power (high sensitivity and specificity) in capturing hard selective sweep events without requiring haplotype phasing. It performed slightly better than SweeD when the recent effective population size was low and the genomic region was small. We then applied our method to a European (CEU) and an African (LWK) human re-sequencing data set. Most hard sweeps were detected in the CEU population (96%). Moreover, hard sweeps in the African population were estimated to have occurred further back in time (mode: 43,625 years BP) compared to those of Europeans (mode: 24,850 years BP). Most of the estimated ages of hard sweeps in Europeans were associated with the Last Glacial Maximum and were enriched in immunity-associated genes.
Plan de classementSciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020] ; Santé : généralités [050] ; Société, développement social [106]
Descr. géo.EUROPE ; AFRIQUE ; KENYA
LocalisationFonds IRD [F B010075149]
Identifiant IRDfdi:010075149
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010075149

Export des données

Disponibilité des documents

Télechargment fichier PDF téléchargeable

Lien sur le Web lien chez l'éditeur

Accès réservé en accès réservé

HAL en libre accès sur HAL


Accès aux documents originaux :

Le FDI est labellisé CollEx

Accès direct

Bureau du chercheur

Site de la documentation

Espace intranet IST (accès réservé)

Suivi des publications IRD (accès réservé)

Mentions légales

Services Horizon

Poser une question

Consulter l'aide en ligne

Déposer une publication (accès réservé)

S'abonner au flux RSS

Voir les tableaux chronologiques et thématiques

Centres de documentation

Bondy

Montpellier (centre IRD)

Montpellier (MSE)

Cayenne

Nouméa

Papeete

Abidjan

Dakar

Niamey

Ouagadougou

Tunis

La Paz

Quito