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El Kaoutari A., Armougom Fabrice, Leroy Q., Vialettes B., Million M., Raoult Didier, Henrissat B. (2013). Development validation of a microarray for the investigation of the CAZymes encoded by the human gut microbiome. Plos One, 8 (12), e84033. ISSN 1932-6203

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers17-10/010061468.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1371/journal.pone.0084033

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Titre
Development validation of a microarray for the investigation of the CAZymes encoded by the human gut microbiome
Année de publication2013
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000329323900016
AuteursEl Kaoutari A., Armougom Fabrice, Leroy Q., Vialettes B., Million M., Raoult Didier, Henrissat B.
SourcePlos One, 2013, 8 (12), p. e84033. p. e84033 ISSN 1932-6203
RésuméDistal gut bacteria play a pivotal role in the digestion of dietary polysaccharides by producing a large number of carbohydrate-active enzymes (CAZymes) that the host otherwise does not produce. We report here the design of a custom microarray that we used to spot non-redundant DNA probes for more than 6,500 genes encoding glycoside hydrolases and lyases selected from 174 reference genomes from distal gut bacteria. The custom microarray was tested and validated by the hybridization of bacterial DNA extracted from the stool samples of lean, obese and anorexic individuals. Our results suggest that a microarray-based study can detect genes from low-abundance bacteria better than metagenomic-based studies. A striking example was the finding that a gene encoding a GH6-family cellulase was present in all subjects examined, whereas metagenomic studies have consistently failed to detect this gene in both human and animal gut microbiomes. In addition, an examination of eight stool samples allowed the identification of a corresponding CAZome core containing 46 families of glycoside hydrolases and polysaccharide lyases, which suggests the functional stability of the gut microbiota despite large taxonomical variations between individuals.
Plan de classementNutrition, alimentation [054] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020] ; Biotechnologies [084]
LocalisationFonds IRD [F B010061468]
Identifiant IRDfdi:010061468
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010061468

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