Horizon / Plein textes La base de ressources documentaires de l'IRD

IRD

 

Publications des scientifiques de l'IRD

Ballardini M., Mercuri A., Littardi C., Abbas S., Couderc Marie, Ludena B., Pintaud Jean-Christophe. (2013). The chloroplast DNA locus psbZ-trnfM as a potential barcode marker in Phoenix L. (Arecaceae). Zookeys, (365), 71-82. ISSN 1313-2989

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers17-10/010061453.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.3897/zookeys.365.5725

Titre
The chloroplast DNA locus psbZ-trnfM as a potential barcode marker in Phoenix L. (Arecaceae)
Année de publication2013
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000329206600006
AuteursBallardini M., Mercuri A., Littardi C., Abbas S., Couderc Marie, Ludena B., Pintaud Jean-Christophe.
SourceZookeys, 2013, (365)p. 71-82. ISSN 1313-2989
RésuméThe genus Phoenix (Arecaceae) comprises 14 species distributed from Cape Verde Islands to SE Asia. It includes the economically important species Phoenix dactylifera. The paucity of differential morphological and anatomical useful characters, and interspecific hybridization, make identification of Phoenix species difficult. In this context, the development of reliable DNA markers for species and hybrid identification would be of great utility. Previous studies identified a 12 bp polymorphic chloroplast minisatellite in the trnG(GCC)-trnfM(CAU) spacer, and showed its potential for species identification in Phoenix. In this work, in order to develop an efficient DNA barcode marker for Phoenix, a longer cpDNA region (700 bp) comprising the mentioned minisatellite, and located between the psbZ and trnfM(CAU) genes, was sequenced. One hundred and thirty-six individuals, representing all Phoenix species except P. andamanensis, were analysed. The minisatellite showed 2-7 repetitions of the 12 bp motif, with 1-3 out of seven haplotypes per species. Phoenix reclinata and P. canariensis had species-specific haplotypes. Additional polymorphisms were found in the flanking regions of the minisatellite, including substitutions, indels and homopolymers. All this information allowed us to identify unambiguously eight out of the 13 species, and overall 80% of the individuals sampled. Phoenix rupicola and P. theophrasti had the same haplotype, and so had P. atlantica, P. dactylifera, and P. sylvestris (the "date palm complex" sensu Pintaud et al. 2013). For these species, additional molecular markers will be required for their unambiguous identification. The psbZ-trnfM(CAU) region therefore could be considered as a good basis for the establishment of a DNA barcoding system in Phoenix, and is potentially useful for the identification of the female parent in Phoenix hybrids.
Plan de classementSciences du monde végétal [076] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
LocalisationFonds IRD [F B010061453]
Identifiant IRDfdi:010061453
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010061453

Export des données

Disponibilité des documents

Télechargment fichier PDF téléchargeable

Lien sur le Web lien chez l'éditeur

Accès réservé en accès réservé

HAL en libre accès sur HAL


* PDF Link :

    à télécharger pour citer/partager ce document sur les réseaux sociaux académiques


Accès aux documents originaux :

Le FDI est labellisé CollEx

Accès direct

Bureau du chercheur

Site de la documentation

Espace intranet IST (accès réservé)

Suivi des publications IRD (accès réservé)

Mentions légales

Services Horizon

Poser une question

Consulter l'aide en ligne

Déposer une publication (accès réservé)

S'abonner au flux RSS

Voir les tableaux chronologiques et thématiques

Centres de documentation

Bondy

Montpellier (centre IRD)

Montpellier (MSE)

Cayenne

Nouméa

Papeete

Abidjan

Dakar

Niamey

Ouagadougou

Tunis

La Paz

Quito