Forslund S. K. auteur aut IRD Chakaroun R. auteur aut IRD Zimmermann-Kogadeeva M. auteur aut IRD Marko L. auteur aut IRD Aron-Wisnewsky J. auteur aut IRD Nielsen T. auteur aut IRD Moitinho-Silva L. auteur aut IRD Schmidt T. S. B. auteur aut IRD Falony G. auteur aut IRD Vieira-Silva S. auteur aut IRD Adriouch S. auteur aut IRD Alves R. J. auteur aut IRD Assmann K. auteur aut IRD Bastard J. P. auteur aut IRD Birkner T. auteur aut IRD Caesar R. auteur aut IRD Chilloux J. auteur aut IRD Coelho L. P. auteur aut IRD Fezeu L. auteur aut IRD Galleron N. auteur aut IRD Helft G. auteur aut IRD Isnard R. auteur aut IRD Ji B. Y. auteur aut IRD Kuhn M. auteur aut IRD Le Chatelier E. auteur aut IRD Myridakis A. auteur aut IRD Olsson L. auteur aut IRD Pons N. auteur aut IRD Prifti Edi auteur aut IRD Quinquis B. auteur aut IRD Roume H. auteur aut IRD Salem J. E. auteur aut IRD Sokolovska N. auteur aut IRD Tremaroli V. auteur aut IRD Valles-Colomer M. auteur aut IRD Lewinter C. auteur aut IRD Sondertoft N. B. auteur aut IRD Pedersen H. K. auteur aut IRD Hansen T. H. auteur aut IRD Gotze J. P. auteur aut IRD Kober L. auteur aut IRD Vestergaard H. auteur aut IRD Hansen T. auteur aut IRD Zucker Jean-Daniel auteur aut IRD Hercberg S. auteur aut IRD Oppert J. M. auteur aut IRD Letunic I. auteur aut IRD Nielsen J. auteur aut IRD Backhed F. auteur aut IRD Ehrlich S. D. auteur aut IRD Dumas M. E. auteur aut IRD Raes J. auteur aut IRD Pedersen O. auteur aut IRD Clement K. auteur aut IRD Stumvoll M. auteur aut IRD Bork P. auteur aut IRD MetaCardis Consortium auteur aut IRD text journalArticle eng text/pdf born digital access During the transition from a healthy state to cardiometabolic disease, patients become heavily medicated, which leads to an increasingly aberrant gut microbiome and serum metabolome, and complicates biomarker discovery(1-5). Here, through integrated multi-omics analyses of 2,173 European residents from the MetaCardis cohort, we show that the explanatory power of drugs for the variability in both host and gut microbiome features exceeds that of disease. We quantify inferred effects of single medications, their combinations as well as additive effects, and show that the latter shift the metabolome and microbiome towards a healthier state, exemplified in synergistic reduction in serum atherogenic lipoproteins by statins combined with aspirin, or enrichment of intestinal Roseburia by diuretic agents combined with beta-blockers. Several antibiotics exhibit a quantitative relationship between the number of courses prescribed and progression towards a microbiome state that is associated with the severity of cardiometabolic disease. We also report a relationship between cardiometabolic drug dosage, improvement in clinical markers and microbiome composition, supporting direct drug effects. Taken together, our computational framework and resulting resources enable the disentanglement of the effects of drugs and disease on host and microbiome features in multimedicated individuals. Furthermore, the robust signatures identified using our framework provide new hypotheses for drug-host-microbiome interactions in cardiometabolic disease. specialized EUROPE 050 054 084 600 500-505 + [15 ] 2021 0028-0836 https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010083829 10.1038/s41586-021-04177-9 0028-0836 [F B010083829] https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010083829 https://www.documentation.ird.fr/intranet/publi/2022-01/010083829.pdf Accès réservé (Intranet de l'IRD) IRD - Base Horizon / Pleins textes 2022-01-12 2025-02-24 fdi:010083829 fre