Varshney R. K. auteur aut IRD Roorkiwal M. auteur aut IRD Sun S. auteur aut IRD Bajaj P. auteur aut IRD Chitikineni A. auteur aut IRD Thudi M. auteur aut IRD Singh N. P. auteur aut IRD Du X. auteur aut IRD Upadhyaya H. D. auteur aut IRD Khan A. W. auteur aut IRD Wang Y. auteur aut IRD Garg V. auteur aut IRD Fan G. Y. auteur aut IRD Cowling W. A. auteur aut IRD Crossa J. auteur aut IRD Gentzbittel L. auteur aut IRD Voss-Fels K. P. auteur aut IRD Valluri V. K. auteur aut IRD Sinha P. auteur aut IRD Singh V. K. auteur aut IRD Ben C. L. auteur aut IRD Rathore A. auteur aut IRD Punna R. auteur aut IRD Singh M. K. auteur aut IRD Tar'an B. auteur aut IRD Bharadwaj C. auteur aut IRD Yasin M. auteur aut IRD Pithia M. S. auteur aut IRD Singh S. auteur aut IRD Soren K. R. auteur aut IRD Kudapa H. auteur aut IRD Jarquin D. auteur aut IRD Cubry Philippe auteur aut IRD Hickey L. T. auteur aut IRD Dixit G. P. auteur aut IRD Thuillet Anne-Céline auteur aut IRD Hamwieh A. auteur aut IRD Kumar S. auteur aut IRD Deokar A. A. auteur aut IRD Chaturvedi S. K. auteur aut IRD Francis A. auteur aut IRD Howard R. auteur aut IRD Chattopadhyay D. auteur aut IRD Edwards D. auteur aut IRD Lyons E. auteur aut IRD Vigouroux Yves auteur aut IRD Hayes B. auteur aut IRD von Wettberg E. auteur aut IRD Datta S. K. auteur aut IRD Yang H. M. auteur aut IRD Nguyen H. T. auteur aut IRD Wang J. auteur aut IRD Siddique K. H. M. auteur aut IRD Mohapatra T. auteur aut IRD Bennetzen J. L. auteur aut IRD Xu X. auteur aut IRD Liu X. auteur aut IRD text journalArticle eng text/pdf reformatted digital access Zero hunger and good health could be realized by 2030 through effective conservation, characterization and utilization of germplasm resources(1). So far, few chickpea (Cicerarietinum) germplasm accessions have been characterized at the genome sequence level(2). Here we present a detailed map of variation in 3,171 cultivated and 195 wild accessions to provide publicly available resources for chickpea genomics research and breeding. We constructed a chickpea pan-genome to describe genomic diversity across cultivated chickpea and its wild progenitor accessions. A divergence tree using genes present in around 80% of individuals in one species allowed us to estimate the divergence of Cicer over the last 21 million years. Our analysis found chromosomal segments and genes that show signatures of selection during domestication, migration and improvement. The chromosomal locations of deleterious mutations responsible for limited genetic diversity and decreased fitness were identified in elite germplasm. We identified superior haplotypes for improvement-related traits in landraces that can be introgressed into elite breeding lines through haplotype-based breeding, and found targets for purging deleterious alleles through genomics-assisted breeding and/or gene editing. Finally, we propose three crop breeding strategies based on genomic prediction to enhance crop productivity for 16 traits while avoiding the erosion of genetic diversity through optimal contribution selection (OCS)-based pre-breeding. The predicted performance for 100-seed weight, an important yield-related trait, increased by up to 23% and 12% with OCS- and haplotype-based genomic approaches, respectively. specialized 076 020 [Early access] [6 ] + [19 p.] 2021 0028-0836 https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010083322 10.1038/s41586-021-04066-1 0028-0836 [F B010083322] https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010083322 https://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/2021-12/010083322.pdf IRD - Base Horizon / Pleins textes 2021-12-03 2025-02-24 fdi:010083322 fre