@phdthesis{fdi:010073820,
  title = {{P}olyplo{\¨ie}die et adaptation des plantes : caract{\'e}risation et variation de l'expression des g{\`e}nes homo{\'e}logues chez le caf{\'e}ier {C}offea arabica},
  author = {{C}ombes {G}avalda, {M}arie-{C}hristine},
  editor = {},
  language = {{FRE}},
  abstract = {{L}a plupart des esp{\`e}ces v{\'e}g{\'e}tales sont des polyplo{\¨ie}des r{\'e}cents ou anciens. {L}'allopolyplo{\¨ie}disation qui r{\'e}sulte d'une hybridation intersp{\'e}cifique coupl{\'e}e {\`a} une duplication g{\'e}nomique joue un r{\^o}le fondamental dans l'{\'e}volution des plantes. {E}lle provoquerait des changements de l'organisation du g{\'e}nome et de la r{\'e}gulation de l'expression des g{\`e}nes qui seraient {\`a} l'origine de nouvelles aptitudes de ces plantes. {D}ans ce contexte, l'{\'e}tude des m{\'e}canismes de conciliation des r{\'e}seaux parentaux de r{\'e}gulation des g{\`e}nes semble essentielle pour d{\'e}finir leur r{\^o}le dans la variation de l'expression des g{\`e}nes. {L}e genre {C}offea, compos{\'e} d'esp{\`e}ces diplo{\¨ie}des pouvant s'hybrider et d'une esp{\`e}ce allot{\'e}traplo{\¨ie}de {C}. arabica, constitue un mod{\`e}le appropri{\'e} pour cette {\'e}tude. {L}'allopolyplo{\¨ie}de pr{\'e}sente deux sous-g{\'e}nomes hom{\'e}ologues peu diff{\'e}renci{\'e}s, provenant de l'hybridation de {C}. eugenioides et {C}. canephora. {A} l'inverse de ses esp{\`e}ces parentales qui se caract{\'e}risent par des {\'e}cosyst{\`e}mes diff{\'e}rents et d'amplitude thermique faible, {C}. arabica se d{\'e}veloppe en tol{\'e}rant des variations de temp{\'e}rature plus importantes. {C}e travail a consist{\'e} {\`a} {\'e}tudier chez {C}. arabica les cons{\'e}quences de l'hybridation sur la variation de l'expression et de la r{\'e}gulation des g{\`e}nes et {\`a} analyser la variation de l'expression des g{\`e}nes hom{\'e}ologues et son implication dans les capacit{\'e}s adaptatives. {L}'expression et la r{\'e}gulation des g{\`e}nes au sein d'hybrides {F}1 entre {C}. canephora et {C}. eugenioides ont {\'e}t{\'e} analys{\'e}es en utilisant la technologie {RNA}-seq. {L}'{\'e}tude de ces hybrides a montr{\'e} que les esp{\`e}ces parentales se distinguent par une proportion importante de divergences de trans-r{\'e}gulation. {P}our 77% des g{\`e}nes diff{\'e}remment exprim{\'e}s entre les esp{\`e}ces parentales et les hybrides, le niveau d'expression de l'hybride est comparable {\`a} celui de l'une des esp{\`e}ces parentales, c'est le ph{\'e}nom{\`e}ne de «level expression dominance». {L}'analyse de l'expression all{\'e}lique sp{\'e}cifique a permis de caract{\'e}riser la r{\'e}gulation de l'expression des g{\`e}nes ; les deux all{\`e}les sont exprim{\'e}s, avec exceptionnellement un biais en faveur d'un g{\'e}nome. {L}'expression des g{\`e}nes est d{\'e}termin{\'e}e par des combinaisons complexes de divergences de cis-r{\'e}gulation des esp{\`e}ces parentales et des effets entrecrois{\'e}s de leurs facteurs de trans-r{\'e}gulation. {L}e niveau d'expression des g{\`e}nes d{\'e}pend de la sur ou sous-r{\'e}gulation simultan{\'e}e des deux all{\`e}les et en particulier, de l'asym{\'e}trie des effets des facteurs de trans-r{\'e}gulation qui semble {\^e}tre {\`a} l'origine du ph{\'e}nom{\`e}ne de «level expression dominance». {P}our l'allopolyplo{\¨ie}de, l'{\'e}tude de l'expression relative des g{\`e}nes hom{\'e}ologues {\`a} l'{\'e}chelle du g{\'e}nome a r{\'e}v{\'e}l{\'e} que les g{\`e}nes hom{\'e}ologues des deux sous-g{\'e}nomes s'inter-r{\'e}gulent et contribuent au transcriptome. {L}e transcriptome de jeunes feuilles de {C}. arabica cultiv{\'e}s {\`a} deux conditions de temp{\'e}ratures, chacune convenant {\`a} l'une des esp{\`e}ces parentales a {\'e}t{\'e} analys{\'e} pour {\'e}tudier la variation de l'expression des g{\`e}nes hom{\'e}ologues chez {C}. arabica et son implication dans les capacit{\'e}s adaptatives. {L}a contribution des sous-g{\'e}nomes au transcriptome est faiblement modifi{\'e}e par les conditions de culture et n'apparait pas directement impliqu{\'e}e dans la capacit{\'e} de {C}. arabica {\`a} tol{\'e}rer des amplitudes thermiques plus {\'e}lev{\'e}es que les esp{\`e}ces parentales. {C}es {\'e}tudes ont permis de caract{\'e}riser la r{\'e}ponse transcriptionnelle {\`a} un {\'e}v{\`e}nement d'hybridation r{\'e}cent et ancien. {E}lles mettent en {\'e}vidence les bases g{\'e}n{\'e}tiques de la variation de l'expression all{\'e}lique suite {\`a} la fusion des r{\'e}seaux divergents de r{\'e}gulation des g{\`e}nes d'esp{\`e}ces parentales. {E}lles ont permis de proposer un mod{\`e}le de la r{\'e}gulation de l'expression des g{\`e}nes hom{\'e}ologues pour {C}. arabica.},
  keywords = {{AMELIORATION} {DES} {PLANTES} ; {CAFE} ; {HYBRIDATION} {INTERSPECIFIQUE} ; {RESSOURCES} {VEGETALES} {SPONTANEES} ; {HYBRIDE} ; {VARIABILITE} ; {ADAPTATION} ; {BIOLOGIE} {VEGETALE} ; {REGULATION} ; {ETUDE} {EXPERIMENTALE} ; {GENOME} ; {CAFEIER} ; {TRANSCRIPTOME} ; {POLYPLOIDIE} ; {PLANTE} {GENETIQUE} ; {EXPRESSION} {DE} {GENES}},
  address = {{M}ontpellier},
  publisher = {{IRD}},
  pages = {154  multigr.},
  year = {2015},
  URL = {https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010073820},
}