Ming R. auteur aut IRD VanBuren R. auteur aut IRD Wai C. M. auteur aut IRD Tang H. B. auteur aut IRD Schatz M. C. auteur aut IRD Bowers J. E. auteur aut IRD Lyons E. auteur aut IRD Wang M. L. auteur aut IRD Chen J. auteur aut IRD Biggers E. auteur aut IRD Zhang J. S. auteur aut IRD Huang L. X. auteur aut IRD Zhang L. M. auteur aut IRD Miao W. J. auteur aut IRD Zhang J. auteur aut IRD Ye Z. Y. auteur aut IRD Miao C. Y. auteur aut IRD Lin Z. C. auteur aut IRD Wang H. auteur aut IRD Zhou H. Y. auteur aut IRD Yim W. C. auteur aut IRD Priest H. D. auteur aut IRD Zheng C. F. auteur aut IRD Woodhouse M. auteur aut IRD Edger P. P. auteur aut IRD Guyot Romain auteur aut IRD Guo H. B. auteur aut IRD Guo H. auteur aut IRD Zheng G. Y. auteur aut IRD Singh R. auteur aut IRD Sharma A. auteur aut IRD Min X. J. auteur aut IRD Zheng Y. auteur aut IRD Lee H. auteur aut IRD Gurtowski J. auteur aut IRD Sedlazeck F. J. auteur aut IRD Harkess A. auteur aut IRD McKain M. R. auteur aut IRD Liao Z. Y. auteur aut IRD Fang J. P. auteur aut IRD Liu J. auteur aut IRD Zhang X. D. auteur aut IRD Zhang Q. auteur aut IRD Hu W. C. auteur aut IRD Qin Y. auteur aut IRD Wang K. auteur aut IRD Chen L. Y. auteur aut IRD Shirley N. auteur aut IRD Lin Y. R. auteur aut IRD Liu L. Y. auteur aut IRD Hernandez A. G. auteur aut IRD Wright C. L. auteur aut IRD Bulone V. auteur aut IRD Tuskan G. A. auteur aut IRD Heath K. auteur aut IRD Zee F. auteur aut IRD Moore P. H. auteur aut IRD Sunkar R. auteur aut IRD Leebens-Mack J. H. auteur aut IRD Mockler T. auteur aut IRD Bennetzen J. L. auteur aut IRD Freeling M. auteur aut IRD Sankoff D. auteur aut IRD Paterson A. H. auteur aut IRD Zhu X. G. auteur aut IRD Yang X. H. auteur aut IRD Smith J. A. C. auteur aut IRD Cushman J. C. auteur aut IRD Paull R. E. auteur aut IRD Yu Q. Y. auteur aut IRD text journalArticle eng text/pdf born digital access Pineapple (Ananas comosus (L.) Merr.) is the most economically valuable crop possessing crassulacean acid metabolism (CAM), a photosynthetic carbon assimilation pathway with high water-use efficiency, and the second most important tropical fruit. We sequenced the genomes of pineapple varieties F153 and MD2 and a wild pineapple relative, Ananas bracteatus accession CB5. The pineapple genome has one fewer ancient whole-genome duplication event than sequenced grass genomes and a conserved karyotype with seven chromosomes from before the. duplication event. The pineapple lineage has transitioned from C-3 photosynthesis to CAM, with CAM-related genes exhibiting a diel expression pattern in photosynthetic tissues. CAM pathway genes were enriched with cis-regulatory elements associated with the regulation of circadian clock genes, providing the first cis-regulatory link between CAM and circadian clock regulation. Pineapple CAM photosynthesis evolved by the reconfiguration of pathways in C-3 plants, through the regulatory neofunctionalization of preexisting genes and not through the acquisition of neofunctionalized genes via whole-genome or tandem gene duplication. specialized 076 47 12 1435-1442 + 3 p. d'annexes : online methods 2015 1061-4036 https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010065534 10.1038/ng.3435 1061-4036 [F B010065534] https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010065534 https://www.documentation.ird.fr/intranet/publi/2015/12/010065534.pdf Accès réservé (Intranet de l'IRD) IRD - Base Horizon / Pleins textes 2016-01-14 2017-08-23 fdi:010065534 fre