Pierre Larmande dans la base Horizon  

 Année-Type Année Type-Année Type

2022

Chapitres ou parties d'ouvrages


  1. Sempéré G., Larmande Pierre, Rouard M. (2022). Managing high-density genotyping data with Gigwa. In : Edwards D. (ed.). Plant bioinformatics : methods and protocols. New York : Springer - Humana Press, 2443, 415-427. (Methods in Molecular Biology). ISBN 978-1-07-162066-3. ISSN 1064-3745.
    Identifiant IRD :  fdi:010084868
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  2. Larmande Pierre, Tagny Ngompe G., Venkatesan A., Ruiz M. (2022). AgroLD : a knowledge graph database for plant functional genomics. In : Edwards D. (ed.). Plant bioinformatics : methods and protocols. New York : Springer - Humana Press, 2443, 527-540. (Methods in Molecular Biology). ISBN 978-1-07-162066-3. ISSN 1064-3745.
    Identifiant IRD :  fdi:010084869
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2021

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Larmande Pierre, Todorov K. (2021). AgroLD : a knowledge graph for the plant sciences. In : Hotho A. (ed.), Blomqvist E. (ed.), Dietze S. (ed.), Fokoue A. (ed.), Ding Y. (ed.), Barnaghi P. (ed.), Haller A. (ed.), Dragoni M. (ed.), Alani H. (ed.). The semantic web - ISWC 2021. Cham : Springer, 12922, 496-510. (Lecture Notes in Computer Science). ISWC 2021 : International Semantic Web Conference, 20., [En ligne], 2021/10/24-28. ISBN 978-3-030-88360-7.
    Identifiant IRD :  fdi:010083662
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  2. Do Q., Hai H. B., Larmande Pierre. (2021). PyRice : a Python package for querying Oryza sativa databases. Bioinformatics, 37 (7), p. 1037-1038. ISSN 1367-4803.
    Identifiant IRD :  fdi:010082132
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2020

Articles


  1. Larmande Pierre, Djibril K.M. (2020). Enabling a fast annotation process with the Table2Annotation tool. Genomics and Informatics, 18 (2), e19 [p. 42-47]. ISSN 2234-0742.
    Identifiant IRD :  fdi:010084041
     Open Access  HAL

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Gaudou Benoit, Huynh N. Q., Philippon Damien, Brugiere A., Chapuis K., Taillandier P., Larmande Pierre, Drogoul Alexis. (2020). COMOKIT : a modeling kit to understand, analyze, and compare the impacts of mitigation policies against the COVID-19 epidemic at the scale of a city. Frontiers in Public Health, 8, p. 563247 [18 p.].
    Identifiant IRD :  fdi:010079819
     Open Access  DOI  HAL

2019

Articles


  1. Larmande Pierre, Huy Do, Yue Wang. (2019). OryzaGP : rice gene and protein dataset for named-entity recognition. Genomics and Informatics, 17 (2), e17 [3 p.]. ISSN 2234-0742.
    Identifiant IRD :  fdi:010084042
     Open Access  DOI  HAL

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Selby P., Abbeloos R., Backlund J. E., Salido M. B., Bauchet G., Benites-Alfaro O. E., Birkett C., Calaminos V. C., Carceller P., Cornut G., Costa B. V., Edwards J. D., Finkers R., Gao S. Y., Ghaffar M., Glaser P., Guignon V., Hok P., Kilian A., Koenig P., Lagare J. E. B., Lange M., Laporte M. A., Larmande Pierre, LeBauer D. S., Lyon D. A., Marshall D. S., Matthews D., Milne I., Mistry N., Morales N., Mueller L. A., Neveu P., Papoutsoglou E., Pearce B., Perez-Masias I., Pommier C., Ramirez-Gonzalez R. H., Rathore A., Raquel A. M., Raubach S., Rife T., Robbins K., Rouard M., Sarma C., Scholz U., Sempere G., Shaw P. D., Simon R., Soldevilla N., Stephen G., Sun Q., Tovar C., Uszynski G., Verouden M., BrAPI consortium. (2019). BrAPI-an application programming interface for plant breeding applications. Bioinformatics, 35 (20), p. 4147-4155. ISSN 1367-4803.
    Identifiant IRD :  fdi:010077403
     Open Access  DOI  HAL

  2. Nti-Addae Y., Matthews D., Ulat V. J., Syed R., Sempere G., Petel A., Renner J., Larmande Pierre, Guignon V., Jones E., Robbins K. (2019). Benchmarking database systems for genomic selection implementation. Database, p. baz096 [10p.]. ISSN 1758-0463.
    Identifiant IRD :  fdi:010077059
     Open Access  DOI

  3. Sempéré G., Pétel A., Rouard M., Frouin J., Hueber Y., De Bellis F., Larmande Pierre. (2019). Gigwa v2-Extended and improved genotype investigator. Gigascience, 8 (5), p. giz051 [9 p.]. ISSN 2047-217X.
    Identifiant IRD :  fdi:010076214
     Open Access  DOI  HAL

  4. Scheben A., Chan C. K. K., Mansueto L., Mauleon R., Larmande Pierre, Alexandrov N., Wing R. A., McNally K. L., Quesneville H., Edwards D. (2019). Progress in single-access information systems for wheat and rice crop improvement. Briefings in Bioinformatics, 20 (2), p. 565-571. ISSN 1467-5463.
    Identifiant IRD :  fdi:010076165
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  5. Juanillas V., Dereeper Alexis, Beaume N., Droc G., Dizon J., Mendoza J. R., Perdon J. P., Mansueto L., Triplett L., Lang J., Zhou G., Ratharanjan K., Plale B., Haga J., Leach J. E., Ruiz M., Thomson M., Alexandrov N., Larmande Pierre, Kretzschmar T., Mauleon R. P. (2019). Rice Galaxy : an open resource for plant science. Gigascience, 8 (5), p. giz028 [14 p.]. ISSN 2047-217X.
    Identifiant IRD :  fdi:010076213
     Open Access  DOI

Thèses, mémoires, diplômes


  1. Larmande Pierre. (2019). Intégration de données multi-échelles et extraction de connaissances en agronomie : exemples et perspectives. Montpellier : IRD, 144 p. multigr. HDR. Habilitation à Diriger des Recherches, Univ. de Montpellier. 2019/04/20.
    Identifiant IRD :  fdi:010075963
     Open Access  HAL

2018

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Venkatesan A., Ngompe G. T., El Hassouni N., Chentli I., Guignon V., Jonquet C., Ruiz M., Larmande Pierre. (2018). Agronomic Linked Data (AgroLD) : a knowledge-based system to enable integrative biology in agronomy. PLoS One, 13 (11), e0198270 [17 p.]. ISSN 1932-6203.
    Identifiant IRD :  fdi:010074505
     Open Access  DOI  HAL

  2. Harper L., Campbell J., Cannon E. K. S., Jung S., Poelchau M., Walls R., Andorf C., Arnaud E., Berardini T. Z., Birkett C., Cannon S., Carson J., Condon B., Cooper L., Dunn N., Elsik C. G., Farmer A., Ficklin S. P., Grant D., Grau E., Herndon N., Hu Z. L., Humann J., Jaiswal P., Jonquet C., Laporte M. A., Larmande Pierre, Lazo G., McCarthy F., Menda N., Mungall C. J., Munoz-Torres M. C., Naithani S., Nelson R., Nesdill D., Park C., Reecy J., Reiser L., Sanderson L. A., Sen T. Z., Staton M., Subramaniam S., Tello-Ruiz M. K., Unda V., Unni D., Wang L. Y., Ware D., Wegrzyn J., Williams J., Woodhouse M., Yu J., Main D. (2018). AgBioData consortium recommendations for sustainable genomics and genetics databases for agriculture. Database : the Journal of Biological Databases and Curation, p. bay088 [32 p.]. ISSN 1758-0463.
    Identifiant IRD :  fdi:010074051
     Open Access  DOI  HAL

  3. Cubry Philippe, Dubreuil Tranchant Christine, Thuillet Anne-Céline, Monat C., Ndjiondjop M. N., Labadie K., Cruaud C., Engelen S., Scarcelli Nora, Rhoné Bénédicte, Burgarella Concetta, Dupuy C., Larmande Pierre, Wincker P., Francois O., Sabot François, Vigouroux Yves. (2018). The rise and fall of African rice cultivation revealed by analysis of 246 new genomes. Current Biology, 28 (14), 2274-2282 + 6 p. ISSN 0960-9822.
    Identifiant IRD :  fdi:010073684
     Demander le PDF  DOI  HAL

  4. Jonquet C., Toulet A., Arnaud E., Aubin S., Yeumo E. D., Emonet V., Graybeal J., Laporte M. A., Musen M. A., Pesce V., Larmande Pierre. (2018). AgroPortal : a vocabulary and ontology repository for agronomy. Computers and Electronics in Agriculture, 144, p. 126-143. ISSN 0168-1699.
    Identifiant IRD :  fdi:010072354
     Open Access  DOI  HAL

2017

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Cohen-Boulakia S., Belhajjame K., Collin O., Chopard J., Froidevaux C., Gaignard A., Hinsen K., Larmande Pierre, Le Brass Y., Lemoine F., Mareuil F., Menager H., Pradal C., Blanchet C. (2017). Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences : status, challenges and opportunities. Future Generation Computer Systems : the International Journal of Escience, 75, p. 284-298. ISSN 0167-739X.
    Identifiant IRD :  fdi:010070287
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2016

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Guignon V., Hueber Y., Rouard M., Bocs S., Couvin D., De Lamotte F., Droc G., Dufayard J.F., El Hassouni N., Farcy C., Gkanogiannis A., Hamelin C., Larivière D., Martin G., Ortega E., Pitollat B., Pointet S., Ruiz M., Sarah G., Summo M., This D., Ravel S., Larmande Pierre, Monat C., Sabot François, Tando Ndomassi, Dubreuil Tranchant Christine, Sempere G., Dereeper Alexis. (2016). The South Green portal : a comprehensive resource for tropical and Mediterranean crop genomics. In : Naithani S. (ed.), Van de Peer Y. (ed.). Genomic resources and databases. Current Plant Biology, 7-8, 6-9. ISSN 2214-6628.
    Identifiant IRD :  fdi:010080164
     Open Access  DOI  HAL

  2. Sempéré G., Philippe Florian, Dereeper Alexis, Ruiz M., Sarah G., Larmande Pierre. (2016). Gigwa - Genotype investigator for genome-wide analyses [+ erratum]. Gigascience, 5, art. 25 [9 p.+ erratum : vol. 5, art. no 48]. ISSN 2047-217X.
    Identifiant IRD :  fdi:010066961
     Open Access  DOI  HAL

Chapitres ou parties d'ouvrages


  1. Le Ngoc L., Tireau A., Venkatesan A., Neveu P., Larmande Pierre. (2016). Development of a knowledge system for Big Data : case study to plant phenotyping data. In : WIMS'16 : international conference on web intelligence, mining and semantics. New York : ACM, art. no 27 [9 p.]. (International Conference Proceedings Series). WIMS'16 : International Conference on Web Intelligence, Mining and Semantics, Nîmes (FRA), 2016/06/13-15. ISBN 978-1-4503-4056-4.
    Identifiant IRD :  fdi:010067401
     Open Access  DOI  HAL

Colloques, congrès, séminaires


  1. Jonquet C., Toulet A., Arnaud E., Aubin S., Dzalé Yeumo E., Emonet V., Pesce V., Larmande Pierre. (2016). AgroPortal : an open repository of ontologies and vocabularies for agriculture and nutrition data. Montpellier : LIRMM, 3 p. multigr. GODAN.Global Open Data for Agriculture and Nutrition Summit, New York (USA), 2016/09/15-16.
    Identifiant IRD :  fdi:010067428
     Open Access  HAL

  2. Jonquet C., Toulet A., Arnaud E., Aubin S., Dzalé Yeumo E., Emonet V., Pesce V., Larmande Pierre. (2016). Reusing the NCBO BioPortal technology for agronomy to build AgroPortal. In : Jaiswal P. (ed.), Hoehndorf R. (ed.), Arighi C. (ed.), Meier A. (ed.). ICBO : International Conference on Biomedical Ontologies. Corvallis : ICBO, 3 p. International Conference on Biomedical Ontologies : Demo Session, 7., Corvallis (USA), 2016/08/01-04.
    Identifiant IRD :  fdi:010067429
     Open Access  HAL

2015

Colloques, congrès, séminaires


  1. Venkatesan A., El Hassouni N., Philippe F., Pommier C., Quesneville H., Ruiz M., Larmande Pierre. (2015). Towards efficient data integration and knowledge management in the Agronomic domain. In : Actes APIA : Applications Pratiques de l'Intelligence Artificielle. Grenoble : AFIA, p. 117-124. Conférence sur les Applications Pratiques de l'Intelligence Artificielle, 1, Rennes (FRA), 2015/06/29-2015/06/03.
    Identifiant IRD :  fdi:010067275
     Open Access  DOI  HAL

  2. Jonquet C., Dzalé-Yeumo E., Arnaud E., Larmande Pierre. (2015). AgroPortal : a proposition for ontology-based services in the agronomic domain. Montpellier : LIRMM, 5 p. multigr. IN-OVIVE'15 : Atelier INtégration de Sources/Masses de Données Hétérogènes et Ontologies, dans le Domaine des Sciences du VIVant et de l'Environnement, 3., Rennes (FRA), 2015/06.
    Identifiant IRD :  fdi:010063854
     Open Access  HAL

2013

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Al-Tam F., Adam Hélène, dos Anjos A., Lorieux Mathias, Larmande Pierre, Ghesquière Alain, Jouannic Stefan, Shahbazkia H. R. (2013). P-TRAP : a panicle trait phenotyping tool. Bmc Plant Biology, 13, p. 122. ISSN 1471-2229.
    Identifiant IRD :  fdi:010061184
     Open Access  DOI

  2. Wollbrett J., Larmande Pierre, de Lamotte F., Ruiz M. (2013). Clever generation of rich SPARQL queries from annotated relational schema : application to Semantic Web Service creation for biological databases. Bmc Bioinformatics, 14, p. 126. ISSN 1471-2105.
    Identifiant IRD :  fdi:010060435
     Open Access  DOI  HAL

Directions d'ouvrages ou de revues


  1. Larmande Pierre (ed.), Arnaud E. (ed.), Mougenot I. (ed.), Jonquet C. (ed.), Libourel T. (ed.), Ruiz M. (ed.). (2013). Semantics for biodiversity (S4BioDiv2013) : proceedings of the first international workshop on semantics for biodiversity. Montpellier : S4BioDiv, 131 p. multigr. S4BioDiv2013 : International Workshop on Semantics for Biodiversity, 1., Montpellier (FRA), 2013/05/27.
    Identifiant IRD :  fdi:010059634
     Open Access  DOI  HAL

2012

Articles référencés dans le Web of Science


  1. Lorieux Mathias, Blein M., Lozano J., Bouniol M., Droc G., Dievart A., Perin C., Mieulet D., Lanau N., Bes M., Rouviere C., Gay C., Piffanelli P., Larmande Pierre, Michel C., Barnola I., Biderre-Petit C., Sallaud C., Perez P., Bourgis Fabienne, Ghesquière Alain, Gantet Pascal, Tohme J., Morel J. B., Guiderdoni E. (2012). In-depth molecular and phenotypic characterization in a rice insertion line library facilitates gene identification through reverse and forward genetics approaches. Plant Biotechnology Journal, 10 (5), p. 555-568. ISSN 1467-7644.
    Identifiant IRD :  fdi:010055887
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