@phdthesis{fdi:010077224,
  title = {{P}hylog{\'e}nie et diversit{\'e} g{\'e}n{\'e}tique des palmiers : de la signature du for{\c{c}}age pal{\'e}oclimatique et g{\'e}ologique {\`a} l'empreinte de l'{H}omme},
  author = {{P}intaud, {J}ean-{C}hristophe},
  editor = {},
  language = {{FRE}},
  abstract = {{L}a famille des palmiers compte 187 genres et environ 2600 esp{\`e}ces, distribu{\'e}s dans toutes les r{\'e}gions chaudes du monde. {L}es analyses phylog{\'e}n{\'e}tiques conduites dans la famille, incorporant des sch{\'e}mas de datation mol{\'e}culaire calibr{\'e}s {\`a} l'aide de fossiles, montrent de nettes discontinuit{\'e}s dans l'histoire {\'e}volutive de ce groupe de plantes au cours du {C}{\'e}nozo{\¨ie}que, co{\¨ie}ncidant clairement avec des ph{\'e}nom{\`e}nes pal{\'e}oclimatiques et g{\'e}ologiques majeurs. {E}n particulier, un ensemble de phylog{\'e}nies mol{\'e}culaires conduites {\`a} divers niveaux sur un groupe pris comme mod{\`e}le, la sous-tribu n{\'e}otropicale des {B}actridinae, nous a permis d'identifier quatre signaux de diversification dans la structure phylog{\'e}n{\'e}tique, particuli{\`e}rement significatifs dans la famille des palmiers : (1) des branches courtes profondes, vers 34 {MA}, indiquant un renouvellement des flores apr{\`e}s la glaciation de la charni{\`e}re {E}oc{\`e}ne-{O}ligoc{\`e}ne ; (2) le d{\'e}but de la diversification de grands genres de palmiers actuels {\`a} 24 {MA}, apr{\`e}s le pic thermique de l'{O}ligoc{\`e}ne sup{\'e}rieur ; (3) une acc{\'e}l{\'e}ration du taux de diversification vers 13-11 {MA}, durant la phase de refroidissement progressif faisant suite {\`a} l'optimum climatique du {M}ioc{\`e}ne moyen (17-15 {MA}), et correspondant {\`a} des radiations adaptatives dans des milieux m{\'e}sothermes et x{\'e}riques marginaux par rapport {\`a} l'optimum {\'e}cologique de la famille en for{\^e}t dense tropicale humide ; (4) {\`a} partir de 6 {MA}, un ph{\'e}nom{\`e}ne tr{\`e}s actif de sp{\'e}ciation allopatrique sur le front andino-amazonien, en accord avec la chronologie de la structuration g{\'e}ologique et de la compartimentation hydrographique de cette zone depuis le {M}ioc{\`e}ne sup{\'e}rieur. {L}'analyse de l'histoire {\'e}volutive des palmiers {\`a} l'{\'e}chelle des temps g{\'e}ologiques est prolong{\'e}e sur l'{H}oloc{\`e}ne par l'{\'e}tude de la dynamique g{\'e}n{\'e}tique des esp{\`e}ces sous r{\'e}gime de domestication. {D}eux mod{\`e}les tr{\`e}s contrast{\'e}s sont compar{\'e}s, le palmier-p{\^e}che ({B}actris gasipaes), domestiqu{\'e} depuis au moins 3000 ans dans la r{\'e}gion n{\'e}otropicale humide, et le palmier dattier ({P}hoenix dactylifera), esp{\`e}ce m{\'e}diterran{\'e}o-saharo-sindhienne domestiqu{\'e}e depuis 6000 ans. {C}ette comparaison a permis de faire {\'e}merger 4 patrons g{\'e}n{\'e}tiques communs fa{\c{c}}onnant l'agrobiodiversit{\'e}, en d{\'e}pit des grandes diff{\'e}rences de nature et de contexte de ces deux domestications : (1) rupture des flux g{\'e}niques mais maintien de la sympatrie avec les populations sauvages ancestrales au cours de la primo-domestication ; (2) existence de plusieurs centres de domestication ind{\'e}pendants ; (3) restauration ou apparition localis{\'e}e de flux g{\'e}niques sauvage/cultiv{\'e} ou entre pools g{\'e}n{\'e}tiques cultiv{\'e}s d'origine diff{\'e}rente lors de contacts secondaires ; (4) modification du syst{\`e}me reproducteur. {U}ne {\'e}tude bibliographique quantitative des modes d'usage des 2600 esp{\`e}ces de palmiers a permis d'identifier 8 esp{\`e}ces ayant un syndrome de domestication caract{\'e}ris{\'e}, distribu{\'e}es dans toutes les r{\'e}gions tropicales {\`a} l'exception de l'{A}frique sub-saharienne, et montrant la r{\'e}currence des 4 patrons g{\'e}n{\'e}tiques identifi{\'e}s au cours des dynamiques de domestication, ainsi que la diversit{\'e} de leur mode d'expression, en particulier en ce qui concerne les alt{\'e}rations du syst{\`e}me reproducteur.},
  keywords = {{BOTANIQUE} ; {PHYLOGENIE} ; {BIOLOGIE} {MOLECULAIRE} ; {EVOLUTION} ; {PALEOCLIMAT} ; {DOMESTICATION} {DES} {PLANTES} ; {DIVERSITE} {SPECIFIQUE} ; {POLYMORPHISME} {GENETIQUE} ; {DOMESTICATION} {DES} {PLANTES} ; {STRATEGIE} {DE} {RECHERCHE} ; {ITINERAIRE} {DE} {RECHERCHE} ; {PALMIER} ; {ZONE} {TROPICALE}},
  address = {{M}ontpellier},
  publisher = {{IRD}},
  pages = {175  multigr.},
  year = {2015},
  URL = {https://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010077224},
}