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Varshney R. K., Thudi M., Roorkiwal M., He W. M., Upadhyaya H. D., Yang W., Bajaj P., Cubry Philippe, Rathore A., Jian J. B., Doddamani D., Khan A. W., Garg V., Chitikineni A., Xu D. W., Gaur P. M., Singh N. P., Chaturvedi S. K., Nadigatla Gvpr, Krishnamurthy L., Dixit G. P., Fikre A., Kimurto P. K., Sreeman S. M., Bharadwaj C., Tripathi S., Wang J., Lee S. H., Edwards D., Polavarapu K. K. B., Penmetsa R. V., Crossa J., Nguyen H. T., Siddique K. H. M., Colmer T. D., Sutton T., von Wettberg E., Vigouroux Yves, Xu X., Liu X. (2019). Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits. Nature Genetics, 51 (5), 857-864. ISSN 1061-4036

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Lien direct chez l'éditeur doi:10.1038/s41588-019-0401-3

Titre
Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits
Année de publication2019
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000466842000013
AuteursVarshney R. K., Thudi M., Roorkiwal M., He W. M., Upadhyaya H. D., Yang W., Bajaj P., Cubry Philippe, Rathore A., Jian J. B., Doddamani D., Khan A. W., Garg V., Chitikineni A., Xu D. W., Gaur P. M., Singh N. P., Chaturvedi S. K., Nadigatla Gvpr, Krishnamurthy L., Dixit G. P., Fikre A., Kimurto P. K., Sreeman S. M., Bharadwaj C., Tripathi S., Wang J., Lee S. H., Edwards D., Polavarapu K. K. B., Penmetsa R. V., Crossa J., Nguyen H. T., Siddique K. H. M., Colmer T. D., Sutton T., von Wettberg E., Vigouroux Yves, Xu X., Liu X.
SourceNature Genetics, 2019, 51 (5), p. 857-864. ISSN 1061-4036
RésuméWe report a map of 4.97 million single-nucleotide polymorphisms of the chickpea from whole-genome resequencing of 429 lines sampled from 45 countries. We identified 122 candidate regions with 204 genes under selection during chickpea breeding. Our data suggest the Eastern Mediterranean as the primary center of origin and migration route of chickpea from the Mediterranean/Fertile Crescent to Central Asia, and probably in parallel from Central Asia to East Africa (Ethiopia) and South Asia (India). Genome-wide association studies identified 262 markers and several candidate genes for 13 traits. Our study establishes a foundation for large-scale characterization of germplasm and population genomics, and a resource for trait dissection, accelerating genetic gains in future chickpea breeding.
Plan de classementSciences du monde végétal [076]
Descr. géo.ASIE ; AFRIQUE DE L'EST ; AMERIQUE ; ZONE MEDITERRANEENNE
LocalisationFonds IRD [F B010075648]
Identifiant IRDfdi:010075648
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010075648

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