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Becheler Arnaud, Coron C., Dupas Stéphane. (2019). The Quetzal Coalescence template library : a C plus plus programmers resource for integrating distributional, demographic and coalescent models. Molecular Ecology Resources, 19 (3), 788-793. ISSN 1755-098X

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Lien direct chez l'éditeur doi:10.1111/1755-0998.12992

Titre
The Quetzal Coalescence template library : a C plus plus programmers resource for integrating distributional, demographic and coalescent models
Année de publication2019
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000465220100018
AuteursBecheler Arnaud, Coron C., Dupas Stéphane.
SourceMolecular Ecology Resources, 2019, 19 (3), p. 788-793. ISSN 1755-098X
RésuméGenetic samples can be used to understand and predict the behaviour of species living in a fragmented and temporally changing environment. In this regard, models of coalescence conditioned to an environment through an explicit modelling of population growth and migration have been developed in recent years, and simulators implementing these models have been developed, enabling biologists to estimate parameters of interest with Approximate Bayesian Computation techniques. However, model choice remains limited, and developing new coalescence simulators is extremely time consuming because code re-use is limited. We present Quetzal, a C++ library composed of re-usable components, which is sufficiently general to efficiently implement a wide range of spatially explicit coalescence-based environmental models of population genetics and to embed the simulation in an Approximate Bayesian Computation framework. Quetzal is not a simulation program, but a toolbox for programming simulators aimed at the community of scientific coders and research software engineers in molecular ecology and phylogeography. This new code resource is open-source and available at along with other documentation resources.
Plan de classementSciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
LocalisationFonds IRD [F B010075643]
Identifiant IRDfdi:010075643
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010075643

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