Horizon / Plein textes La base de ressources documentaires de l'IRD

IRD

 

Publications des scientifiques de l'IRD

Vergne Timothée, Meyer A., Long P. T., Elkholly D. A., Inui K., Padungtod P., Newman S. H., Fournie G., Pfeiffer D. U. (2019). Optimising the detectability of H5N1 and H5N6 highly pathogenic avian influenza viruses in Vietnamese live-bird markets. Scientific Reports - Nature, 9, art. 1031 [10 p.]. ISSN 2045-2322

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers19-02/010075160.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1038/s41598-018-37616-1

Titre
Optimising the detectability of H5N1 and H5N6 highly pathogenic avian influenza viruses in Vietnamese live-bird markets
Année de publication2019
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000457287000019
AuteursVergne Timothée, Meyer A., Long P. T., Elkholly D. A., Inui K., Padungtod P., Newman S. H., Fournie G., Pfeiffer D. U.
SourceScientific Reports - Nature, 2019, 9, p. art. 1031 [10 p.]. p. art. 1031 [10 p.] ISSN 2045-2322
RésuméLive bird markets (LBMs) are major targets for avian influenza virus (AIV) surveillance programmes. While sampling the LBM environment has become a widely used alternative to the labour-intensive sampling of live poultry, the design of surveillance programmes and the interpretation of their results are compromised by the lack of knowledge about the effectiveness of these sampling strategies. We used latent class models and a unique empirical dataset collated in Vietnamese LBMs to estimate the sensitivity and specificity of five different sample types for detecting AIVs subtypes H5N1 and H5N6: oropharyngeal duck samples, solid and liquid wastes, poultry drinking water and faeces. Results suggest that the sensitivity of environmental samples for detecting H5N1 viruses is equivalent to that of oropharyngeal duck samples; however, taking oropharyngeal duck samples was estimated to be more effective in detecting H5N6 viruses than taking any of the four environmental samples. This study also stressed that the specificity of the current surveillance strategy in LBMs was not optimal leading to some false positive LBMs. Using simulations, we identified 42 sampling strategies more parsimonious than the current strategy and expected to be highly sensitive for both viruses at the LBM level. All of these strategies involved the collection of both environmental and oropharyngeal duck samples.
Plan de classementEntomologie médicale / Parasitologie / Virologie [052] ; Sciences du monde animal [080] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
Descr. géo.VIET NAM
LocalisationFonds IRD [F B010075160]
Identifiant IRDfdi:010075160
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010075160

Export des données

Disponibilité des documents

Télechargment fichier PDF téléchargeable

Lien sur le Web lien chez l'éditeur

Accès réservé en accès réservé

HAL en libre accès sur HAL


* PDF Link :

    à télécharger pour citer/partager ce document sur les réseaux sociaux académiques


Accès aux documents originaux :

Le FDI est labellisé CollEx

Accès direct

Bureau du chercheur

Site de la documentation

Espace intranet IST (accès réservé)

Suivi des publications IRD (accès réservé)

Mentions légales

Services Horizon

Poser une question

Consulter l'aide en ligne

Déposer une publication (accès réservé)

S'abonner au flux RSS

Voir les tableaux chronologiques et thématiques

Centres de documentation

Bondy

Montpellier (centre IRD)

Montpellier (MSE)

Cayenne

Nouméa

Papeete

Abidjan

Dakar

Niamey

Ouagadougou

Tunis

La Paz

Quito