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Dellicour S., Vrancken B., Trovao N. S., Fargette Denis, Lemey P. (2018). On the importance of negative controls in viral landscape phylogeography. Virus Evolution, 4 (2), vey023 [9 p.]. ISSN 2057-1577

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers19-02/010074954.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1093/ve/vey023

Titre
On the importance of negative controls in viral landscape phylogeography
Année de publication2018
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000456426800005
AuteursDellicour S., Vrancken B., Trovao N. S., Fargette Denis, Lemey P.
SourceVirus Evolution, 2018, 4 (2), p. vey023 [9 p.]. p. vey023 [9 p.] ISSN 2057-1577
RésuméPhylogeographic reconstructions are becoming an established procedure to evaluate the factors that could impact virus spread. While a discrete phylogeographic approach can be used to test predictors of transition rates among discrete locations, alternative continuous phylogeographic reconstructions can also be exploited to investigate the impact of underlying environmental layers on the dispersal velocity of a virus. The two approaches are complementary tools for studying pathogens' spread, but in both cases, care must be taken to avoid misinterpretations. Here, we analyse rice yellow mottle virus (RYMV) sequence data from West and East Africa to illustrate how both approaches can be used to study the impact of environmental factors on the virus' dispersal frequency and velocity. While it was previously reported that host connectivity was a major determinant of RYMV spread, we show that this was a false positive result due to the lack of appropriate negative controls. We also discuss and compare the phylodynamic tools currently available for investigating the impact of environmental factors on virus spread.
Plan de classementSciences du monde végétal [076] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
LocalisationFonds IRD [F B010074954]
Identifiant IRDfdi:010074954
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010074954

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