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Brousseau Louise, Nidelet S., Streiff R. (2018). New WGS data and annotation of the heterosomal vs. autosomal localization of Ostrinia scapulalis (Lepidoptera, Crambidae) nuclear genomic scaffolds. Data in Brief, 20, 644-648. ISSN 2352-3409

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers18-12/010074455.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1016/j.dib.2018.08.011

Titre
New WGS data and annotation of the heterosomal vs. autosomal localization of Ostrinia scapulalis (Lepidoptera, Crambidae) nuclear genomic scaffolds
Année de publication2018
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000450242200096
AuteursBrousseau Louise, Nidelet S., Streiff R.
SourceData in Brief, 2018, 20, p. 644-648. ISSN 2352-3409
RésuméHere, we introduce new whole-genome shotgun sequencing and annotation data describing the autosomal vs. Z-heterosomal localization of nuclear genomic scaffolds of the moth species Ostrinia scapulalis. Four WGS libraries (corresponding to 2 males and 2 females) were sequenced with an Illumina HiSeq2500 sequencing technology, and the so-called 'AD-ratio' method was applied to distinguish between autosomal and Z-heterosomal scaffolds based on sequencing depth comparisons between homogametic (male) and heterogametic (female) libraries. A total of 25,760 scaffolds (corresponding to 341.69 Mb) were labelled as autosomal and 1273 scaffolds (15.29 Mb) were labelled as Z-heterosomal, totaling about 357 Mb. Besides, 4874 scaffolds (29.07 Mb) remain ambiguous because of a lack of AD-ratio reproducibility between the two replicates. The annotation method was evaluated a posteriori, by comparing depth-based annotation with the exact localization of known genes. Raw genomic data have been deposited and made accessible via the EMBL ENA BioProject id PRJEB26557. Comprehensive annotation is made accessible via the LepidoDB database (
Plan de classementSciences du monde végétal [076] ; Sciences du monde animal [080] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
LocalisationFonds IRD [F B010074455]
Identifiant IRDfdi:010074455
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010074455

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