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Ben Abdallah M., Karray F., Kallel N., Armougom Fabrice, Mhiri N., Quéméneur Marianne, Cayol J. L., Erauso G., Sayadi S. (2018). Abundance and diversity of prokaryotes in ephemeral hypersaline lake Chott El Jerid using Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR assays. Extremophiles, 22 (5), 811-823. ISSN 1431-0651

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Lien direct chez l'éditeur doi:10.1007/s00792-018-1040-9

Titre
Abundance and diversity of prokaryotes in ephemeral hypersaline lake Chott El Jerid using Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR assays
Année de publication2018
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000442104000010
AuteursBen Abdallah M., Karray F., Kallel N., Armougom Fabrice, Mhiri N., Quéméneur Marianne, Cayol J. L., Erauso G., Sayadi S.
SourceExtremophiles, 2018, 22 (5), p. 811-823. ISSN 1431-0651
RésuméChott El Jerid is the largest hypersaline ephemeral lake in southern Tunisian Sahara desert and is one of the biggest depressions at the North of Africa. This study aimed to investigate the diversity and abundance of microbial communities inhabiting Chott El Jerid during wet season (when it was flooded), using molecular methods [Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR (qPCR)]. 16S rRNA gene analyses revealed that bacterial community was dominated by Proteobacteria (especially Ralstonia species), followed by Firmicutes, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria and Verrucomicrobia. The results obtained using prokaryotic universal primers showed low relative abundance of Archaea dominated by few OTUs related to Methanosarcinaceae and Methanomassiliicoccaceae families and the presence of sulfate-reducing Archaea affiliated with Archaeoglobus. However, the results obtained using Archaea-specific primers showed that archaeal community was mainly composed of aerobic Halobacteria (especially Halorubrum species) and anaerobic members of Methanomicrobia. These results also provided evidence for the presence of members of the genus Halohasta in this environment. qPCR results revealed that Archaea were more abundant in studied samples than Bacteria. The sulfate-reducing Bacteria were also found abundant (one-third of the bacterial community) and outnumbered methanogens, suggesting their potential important role in this sulfate-rich and hypersaline ecosystem.
Plan de classementBiotechnologies [084] ; Limnologie biologique / Océanographie biologique [034]
Descr. géo.TUNISIE ; SAHARA ; CHOTT EL JERID LAC
LocalisationFonds IRD [F B010073760]
Identifiant IRDfdi:010073760
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010073760

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