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Cubry Philippe, Vigouroux Yves, Francois O. (2017). The empirical distribution of singletons for geographic samples of DNA sequences. Frontiers in Genetics, 8, art. 139 [10 p.]. ISSN 1664-8021

Fichier PDF disponible http://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers17-10/010071038.pdf

Lien direct chez l'éditeur doi:10.5589/fgene.2017.00159

Titre
The empirical distribution of singletons for geographic samples of DNA sequences
Année de publication2017
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000412013500001
AuteursCubry Philippe, Vigouroux Yves, Francois O.
SourceFrontiers in Genetics, 2017, 8, p. art. 139 [10 p.]. p. art. 139 [10 p.] ISSN 1664-8021
RésuméRare variants are important for drawing inference about past demographic events in a species history. A singleton is a rare variant for which genetic variation is carried by a unique chromosome in a sample. How singletons are distributed across geographic space provides a local measure of genetic diversity that can be measured at the individual level. Here, we define the empirical distribution of singletons in a sample of chromosomes as the proportion of the total number of singletons that each chromosome carries, and we present a theoretical background for studying this distribution. Next, we use computer simulations to evaluate the potential for the empirical distribution of singletons to provide a description of genetic diversity across geographic space. In a Bayesian framework, we show that the empirical distribution of singletons leads to accurate estimates of the geographic origin of range expansions. We apply the Bayesian approach to estimating the origin of the cultivated plant species Pennisetum glaUCUM [I] R. Br. (pearl millet) in Africa, and find support for range expansion having started from Northern Mali. Overall, we report that the empirical distribution of singletons is a useful measure to analyze results of sequencing projects based on large scale sampling of individuals across geographic space.
Plan de classementSciences du monde végétal [076] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
Descr. géo.AFRIQUE SUBSAHARIENNE ; MALI
LocalisationFonds IRD [F B010071038]
Identifiant IRDfdi:010071038
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010071038

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