Horizon / Plein textes La base de ressources documentaires de l'IRD

IRD

Publications des scientifiques de l'IRD

Drancourt M., Aboudharam G., Croce O., Armougom Fabrice, Robert C., Raoult D. (2017). Dental pulp as a source of low-contaminated DNA. Microbial Pathogenesis, 105, 63-67. ISSN 0882-4010

Accès réservé (Intranet IRD) Document en accès réservé (Intranet IRD)

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1016/j.micpath.2017.02.007

Titre
Dental pulp as a source of low-contaminated DNA
Année de publication2017
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000398650700010
AuteursDrancourt M., Aboudharam G., Croce O., Armougom Fabrice, Robert C., Raoult D.
SourceMicrobial Pathogenesis, 2017, 105, p. 63-67. ISSN 0882-4010
RésuméThe in-laboratory contamination of the ancient samples hinders the result interpretation of the investigations in the field of paleomicrobiology. We had promoted the dental pulp as a sample that limits the risks of in-laboratory contamination of the ancient material. In this work, we measured the contamination of the dental pulp manipulated according to paleomicrobiology protocol, used as a source of a total DNA for metagenomics. First, total DNA extracted from two dog canines was sequenced using next generation sequencing. This yielded a total of 487,828 trimmed reads with a length of 227 +/- 35 bp. Sequence analysis of the final dataset using Blast algorithm search and stringent thresholds for sequence identity and coverage against a database including both Canis lupus familiaris and Homo sapiens complete genomes showed that 95% of reads were assigned to C familiaris whereas 0.03% was assigned to H. sapiens. In a second step, two teeth collected from two 12th century mammals were manipulated following the same protocol. A total of 13,890 trimmed reads with a 157 +/- 67 bp length yielded 0-0.35% reads assigned to H. sapiens. This study indicates that the dental pulp is a useful for detecting the significant nucleic sequences in both modern and ancient samples.
Plan de classementSanté : généralités [050] ; Biotechnologies [084] ; Sciences du monde animal [080] ; Sociétés, développement culturel [112]
LocalisationFonds IRD [F B010069964]
Identifiant IRDfdi:010069964
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010069964

Export des données

Disponibilité des documents

Télechargment fichier PDF téléchargeable

Lien sur le Web lien chez l'éditeur

Accès réservé en accès réservé

HAL en libre accès sur HAL


Accès aux documents originaux :

Le FDI est labellisé CollEx

Accès direct

Bureau du chercheur

Site de la documentation

Espace intranet IST (accès réservé)

Suivi des publications IRD (accès réservé)

Mentions légales

Services Horizon

Poser une question

Consulter l'aide en ligne

Déposer une publication (accès réservé)

S'abonner au flux RSS

Voir les tableaux chronologiques et thématiques

Centres de documentation

Bondy

Montpellier (centre IRD)

Montpellier (MSE)

Nouméa

Papeete

Niamey

Ouagadougou

Tunis

La Paz

Quito