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Guinoiseau T., Moreau A., Hohnadel G., Ngo-Giang-Huong Nicole, Brulard C., Vourc'h P., Goudeau A., Gaudy-Graffin C. (2017). Deep sequencing is an appropriate tool for the selection of unique Hepatitis C virus (HCV) variants after single genomic amplification. Plos One, 12 (3), e0174852 [11 p.]. ISSN 1932-6203

Fichier PDF disponiblehttp://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers17-05/010069512.pdf[ PDF Link ]

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1371/journal.pone.0174852

Titre
Deep sequencing is an appropriate tool for the selection of unique Hepatitis C virus (HCV) variants after single genomic amplification
Année de publication2017
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000399175000044
AuteursGuinoiseau T., Moreau A., Hohnadel G., Ngo-Giang-Huong Nicole, Brulard C., Vourc'h P., Goudeau A., Gaudy-Graffin C.
SourcePlos One, 2017, 12 (3), p. e0174852 [11 p.]. p. e0174852 [11 p.] ISSN 1932-6203
RésuméHepatitis C virus (HCV) evolves rapidly in a single host and circulates as a quasispecies wich is a complex mixture of genetically distinct virus's but closely related namely variants. To identify intra-individual diversity and investigate their functional properties in vitro, it is necessary to define their quasispecies composition and isolate the HCV variants. This is possible using single genome amplification (SGA). This technique, based on serially diluted cDNA to amplify a single cDNA molecule (clonal amplicon), has already been used to determine individual HCV diversity. In these studies, positive PCR reactions from SGA were directly sequenced using Sanger technology. The detection of non-clonal amplicons is necessary for excluding them to facilitate further functional analysis. Here, we compared Next Generation Sequencing (NGS) with De Novo assembly and Sanger sequencing for their ability to distinguish clonal and non-clonal amplicons after SGA on one plasma specimen. All amplicons (n = 42) classified as clonal by NGS were also classified as clonal by Sanger sequencing. No double peaks were seen on electropherograms for non-clonal amplicons with position-specific nucleotide variation below 15% by NGS. Altogether, NGS circumvented many of the difficulties encountered when using Sanger sequencing after SGA and is an appropriate tool to reliability select clonal amplicons for further functional studies.
Plan de classementEntomologie médicale / Parasitologie / Virologie [052]
Descr. géo.THAILANDE
LocalisationFonds IRD [F B010069512]
Identifiant IRDfdi:010069512
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010069512

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