Horizon / Plein textes La base de ressources documentaires de l'IRD

IRD

Publications des scientifiques de l'IRD

Klonowska Agnieszka, Lopez-Lopez A., Moulin Lionel, Ardley J., Gollagher M., Marinova D., Tian R., Huntemann M., Reddy T. B. K., Varghese N., Woyke T., Markowitz V., Ivanova N., Seshadri R., Baeshen M. N., Baeshen N. A., Kyrpides N., Reeve W. (2017). High-quality draft genome sequence of Rhizobium mesoamericanum strain STM6155, a Mimosa pudica microsymbiont from New Caledonia. Standards in Genomic Sciences, 12, art. 7 [11 p.]. ISSN 1944-3277

Fichier PDF disponible http://horizon.documentation.ird.fr/exl-doc/pleins_textes/divers17-02/010068936.pdf

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1186/s40793-016-0212-4

Titre
High-quality draft genome sequence of Rhizobium mesoamericanum strain STM6155, a Mimosa pudica microsymbiont from New Caledonia
Année de publication2017
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000392977700001
AuteursKlonowska Agnieszka, Lopez-Lopez A., Moulin Lionel, Ardley J., Gollagher M., Marinova D., Tian R., Huntemann M., Reddy T. B. K., Varghese N., Woyke T., Markowitz V., Ivanova N., Seshadri R., Baeshen M. N., Baeshen N. A., Kyrpides N., Reeve W.
SourceStandards in Genomic Sciences, 2017, 12, p. art. 7 [11 p.]. p. art. 7 [11 p.] ISSN 1944-3277
RésuméRhizobium mesoamericanum STM6155 (INSCD = ATYY01000000) is an aerobic, motile, Gram-negative, non-sporeforming rod that can exist as a soil saprophyte or as an effective nitrogen fixing microsymbiont of the legume Mimosa pudica L.. STM6155 was isolated in 2009 from a nodule of the trap host M. pudica grown in nickel-rich soil collected near Mont Dore, New Caledonia. R. mesoamericanum STM6155 was selected as part of the DOE Joint Genome Institute 2010 Genomic Encyclopedia for Bacteria and Archaea-Root Nodule Bacteria (GEBA-RNB) genome sequencing project. Here we describe the symbiotic properties of R. mesoamericanum STM6155, together with its genome sequence information and annotation. The 6,927,906 bp high-quality draft genome is arranged into 147 scaffolds of 152 contigs containing 6855 protein-coding genes and 71 RNA-only encoding genes. Strain STM6155 forms an ANI clique (ID 2435) with the sequenced R. mesoamericanum strain STM3625, and the nodulation genes are highly conserved in these strains and the type strain of Rhizobium grahamii CCGE501(T). Within the STM6155 genome, we have identified a chr chromate efflux gene cluster of six genes arranged into two putative operons and we postulate that this cluster is important for the survival of STM6155 in ultramafic soils containing high concentrations of chromate.
Plan de classementBiotechnologies [084] ; Sciences du monde végétal [076]
Descr. géo.NOUVELLE CALEDONIE
LocalisationFonds IRD [F B010068936]
Identifiant IRDfdi:010068936
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010068936

Export des données

Disponibilité des documents

Télechargment fichier PDF téléchargeable

Lien sur le Web lien chez l'éditeur

Accès réservé en accès réservé

HAL en libre accès sur HAL


Accès aux documents originaux :

Accès direct

Bureau du chercheur

Site de la documentation

Espace intranet IST (accès réservé)

Suivi des publications IRD (accès réservé)

Mentions légales

Services Horizon

Poser une question

Consulter l'aide en ligne

Déposer une publication (accès réservé)

S'abonner au flux RSS

Voir les tableaux chronologiques et thématiques

Centres de documentation

Bondy

Montpellier (centre IRD)

Montpellier (MSE)

Nouméa

Papeete

Niamey

Ouagadougou

Tunis

La Paz

Quito