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Paradis Emmanuel, Gosselin T., Goudet J., Jombart T., Schliep K. (2017). Linking genomics and population genetics with R. Molecular Ecology Resources, 17 (1), 54-66. ISSN 1755-098X

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Lien direct chez l'éditeur doi:10.1111/1755-0998.12577

Titre
Linking genomics and population genetics with R
Année de publication2017
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000390413500008
AuteursParadis Emmanuel, Gosselin T., Goudet J., Jombart T., Schliep K.
SourceMolecular Ecology Resources, 2017, 17 (1), p. 54-66. ISSN 1755-098X
RésuméPopulation genetics and genomics have developed and been treated as independent fields of study despite having common roots. The continuous progress of sequencing technologies is contributing to (re-)connect these two disciplines. We review the challenges faced by data analysts and software developers when handling very big genetic data sets collected on many individuals. We then expose how R, as a computing language and development environment, proposes some solutions to meet these challenges. We focus on some specific issues that are often encountered in practice: handling and analysing single-nucleotide polymorphism data, handling and reading variant call format files, analysing haplotypes and linkage disequilibrium and performing multivariate analyses. We illustrate these implementations with some analyses of three recently published data sets that contain between 60 000 and 1 000 000 loci. We conclude with some perspectives on future developments of R software for population genomics.
Plan de classementSciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020] ; Informatique [122]
LocalisationFonds IRD [F B010068788]
Identifiant IRDfdi:010068788
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010068788

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