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Dereeper Alexis, Guyot Romain, Dubreuil Tranchant Christine, Anthony François, Argout X., de Bellis F., Combes Marie-Christine, Gavory F., Kochko Alexandre de, Kudrna D., Leroy T., Poulain J., Rondeau M., Song X., Wing R., Lashermes Philippe. (2013). BAC-end sequences analysis provides first insights into coffee (Coffea canephora P.) genome composition and evolution. Plant Molecular Biology, 83 (3), 177-189. ISSN 0167-4412

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Lien direct chez l'éditeur doi:10.1007/s11103-013-0077-5

Titre
BAC-end sequences analysis provides first insights into coffee (Coffea canephora P.) genome composition and evolution
Année de publication2013
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000324652600002
AuteursDereeper Alexis, Guyot Romain, Dubreuil Tranchant Christine, Anthony François, Argout X., de Bellis F., Combes Marie-Christine, Gavory F., Kochko Alexandre de, Kudrna D., Leroy T., Poulain J., Rondeau M., Song X., Wing R., Lashermes Philippe.
SourcePlant Molecular Biology, 2013, 83 (3), p. 177-189. ISSN 0167-4412
RésuméCoffee is one of the world's most important agricultural commodities. Coffee belongs to the Rubiaceae family in the euasterid I clade of dicotyledonous plants, to which the Solanaceae family also belongs. Two bacterial artificial chromosome (BAC) libraries of a homozygous doubled haploid plant of Coffea canephora were constructed using two enzymes, HindIII and BstYI. A total of 134,827 high quality BAC-end sequences (BESs) were generated from the 73,728 clones of the two libraries, and 131,412 BESs were conserved for further analysis after elimination of chloroplast and mitochondrial sequences. This corresponded to almost 13 % of the estimated size of the C. canephora genome. 6.7 % of BESs contained simple sequence repeats, the most abundant (47.8 %) being mononucleotide motifs. These sequences allow the development of numerous useful marker sites. Potential transposable elements (TEs) represented 11.9 % of the full length BESs. A difference was observed between the BstYI and HindIII libraries (14.9 vs. 8.8 %). Analysis of BESs against known coding sequences of TEs indicated that 11.9 % of the genome corresponded to known repeat sequences, like for other flowering plants. The number of genes in the coffee genome was estimated at 41,973 which is probably overestimated. Comparative genome mapping revealed that microsynteny was higher between coffee and grapevine than between coffee and tomato or Arabidopsis. BESs constitute valuable resources for the first genome wide survey of coffee and provide new insights into the composition and evolution of the coffee genome.
Plan de classementSciences du monde végétal [076] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
LocalisationFonds IRD [F B010061149]
Identifiant IRDfdi:010061149
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010061149

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