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Riahi L., Zoghlami N., Dereeper Alexis, Laucou V., Mliki A., This P. (2013). Single nucleotide polymorphism and haplotype diversity of the gene NAC4 in grapevine. Industrial Crops and Products, 43, 718-724. ISSN 0926-6690

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Lien direct chez l'éditeur doi:10.1016/j.indcrop.2012.08.021

Titre
Single nucleotide polymorphism and haplotype diversity of the gene NAC4 in grapevine
Année de publication2013
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000311865000107
AuteursRiahi L., Zoghlami N., Dereeper Alexis, Laucou V., Mliki A., This P.
SourceIndustrial Crops and Products, 2013, 43, p. 718-724. ISSN 0926-6690
RésuméThe NAC gene family encodes a large plant-specific transcription factors that play diverse roles in plant development and stress regulation. In this study, nucleotide variation at gene NAC4 was surveyed by sequencing a sample of 50 wild grapevine accessions and 73 cultivars of Vitis vinifera L. A total of 11 bi-allelic single nucleotide polymorphisms were detected in the studied gene resulting in an average of 1 SNP every 63 bp. Among the 11 detected SNPs, 2 SNPs were located in the coding region. SNP R373 results in a change in the encoded amino acid (Val double right arrow Ile) and the second is synonymous. The detected SNPs combine to 10 haplotypes with frequency varying from 0.4% to 53.3%. Genetic diversity level recorded for cultivated grapevine gene pools (11 SNP, 9 haplo, Hd = 0.735 +/- 0.028, Pi = 0.00492 +/- 0.00024) was higher than for wild germplasms (9 SNPs, 8 haplo, Hd = 0.526 +/- 0.051, Pi = 0.00236 +/- 0.00026). A search for selection signatures highlighted non deviations from the standard neutral model for this gene in wild sample. However patterns of nucleotide diversity were consistent with a balancing selection in cultivated gene pool which may provide evidence for adaptation at the molecular level and help elucidate genotype phenotype relationships. The presence of SNPs resulting in the change in the encoded amino acid in the studied gene can be interesting to highlight contribution of SNP in the evolution of candidate genes coding for functional trait in plants and can be a base for further genetic association studies.
Plan de classementSciences du monde végétal [076]
LocalisationFonds IRD [F B010058192]
Identifiant IRDfdi:010058192
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010058192

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