Stanton J., Hugall A., Moritz C. (1997). Nucleotide polymorphisms and an improved PCR-based mtDNA diagnostic for parthenogenetic root-knot nematodes (Meloidogyne spp.). Fundamental and Applied Nematology, 20 (3), p. 261-268. ISSN 1164-5571.
Titre du document
Nucleotide polymorphisms and an improved PCR-based mtDNA diagnostic for parthenogenetic root-knot nematodes (Meloidogyne spp.)
Année de publication
1997
Type de document
Article
Auteurs
Stanton J., Hugall A., Moritz C.
Source
Fundamental and Applied Nematology, 1997,
20 (3), p. 261-268 ISSN 1164-5571
L'analyse de séquences de 2212 paires de bases provenant de six ADN mitochondriaux haplotypes très voisins de Meloidogyne (Hugall et al., 1994) a permis de mettre en évidence douze sites nucléotidiens polymorphiques et une délétion. En dépit de cette faible diversité, il existe assez de sites différents d'enzymes de restriction parmi ces séquences pour fournir des tests de diagnostic. En utilisant un choix de ces sites, il a été mis au point un test diagnostique multiplex fondé sur l'amplification en chaîne par polymérase (PCR), test amplifiant simultanément deux étroites régions du génome mitochondrial, et digérant ensuite le produit par HinfI ou MnlI. Ce test diagnostique permet d'identifier les haplotypes - même en mélange - présents chez M. arenaria, M. incognita, M. javanica et M. hispanica, ainsi que chez M. hapla et M. chitwoodi. Ce nouveau test représente une amélioration par rapport aux tests PCR sur DNA mitochondrial appliqués aux Meloidogyne en ce sens qu'il permet la discrimination entre un plus grand nombre d'espèces et de races (par ex. : races de M. arenaria vis-à-vis de M. javanica) ; de plus, des produits plus réduits étant amplifiés, ce test est de ce fait plus robuste. Ont été également mis au point des amorces amplifiant une région de 63 paires de bases en nombre variable de répétitions en tandem. Les schémas de zonation qui en résultent permettent de différencier les isolats à l'intérieur des haplotypes d'enzymes de restriction et peuvent être utilisés pour vérifier l'identité des isolats de nématodes maintenus en élevage. (Résumé d'auteur)
Plan de classement
Ravageurs des plantes [076RAVPLA]
Descripteurs
NEMATODE PHYTOPARASITE ; BIOLOGIE MOLECULAIRE ; ADN ; POLYMORPHISME GENETIQUE ; DIAGNOSE ; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE
