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Escalas A., Bouvier T., Mouchet M. A., Leprieur F., Bouvier C., Troussellier Marc, Mouillot D. (2013). A unifying quantitative framework for exploring the multiple facets of microbial biodiversity across diverse scales. Environmental Microbiology, 15 (10), 2642-2657. ISSN 1462-2912

Lien direct chez l'éditeur doi:10.1111/1462-2920.12156

Titre
A unifying quantitative framework for exploring the multiple facets of microbial biodiversity across diverse scales
Année de publication2013
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000325367200002
AuteursEscalas A., Bouvier T., Mouchet M. A., Leprieur F., Bouvier C., Troussellier Marc, Mouillot D.
SourceEnvironmental Microbiology, 2013, 15 (10), p. 2642-2657. ISSN 1462-2912
RésuméRecent developments of molecular tools have revolutionized our knowledge of microbial biodiversity by allowing detailed exploration of its different facets and generating unprecedented amount of data. One key issue with such large datasets is the development of diversity measures that cope with different data outputs and allow comparison of biodiversity across different scales. Diversity has indeed three components: local (), regional () and the overall difference between local communities (). Current measures of microbial diversity, derived from several approaches, provide complementary but different views. They only capture the component of diversity, compare communities in a pairwise way, consider all species as equivalent or lack a mathematically explicit relationship among the , and components. We propose a unified quantitative framework based on the Rao quadratic entropy, to obtain an additive decomposition of diversity (=+), so the three components can be compared, and that integrate the relationship (phylogenetic or functional) among Microbial Diversity Units that compose a microbial community. We show how this framework is adapted to all types of molecular data, and we highlight crucial issues in microbial ecology that would benefit from this framework and propose ready-to-use R-functions to easily set up our approach.
Plan de classementLimnologie biologique / Océanographie biologique [034] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020] ; Biotechnologies [084]
LocalisationFonds IRD
Identifiant IRDPAR00011063
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/PAR00011063

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