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Sassi M., Robert C., Raoult Didier, Drancourt M. (2013). Non-contiguous genome sequence of Mycobacterium simiae strain DSM 44165(t). Standards in Genomic Sciences, 8 (2), 306-317. ISSN 1944-3277

Lien direct chez l'éditeur doi:10.4056/sigs.3707349

Titre
Non-contiguous genome sequence of Mycobacterium simiae strain DSM 44165(t)
Année de publication2013
Type de documentArticle référencé dans le Web of Science WOS:000323326900013
AuteursSassi M., Robert C., Raoult Didier, Drancourt M.
SourceStandards in Genomic Sciences, 2013, 8 (2), p. 306-317. ISSN 1944-3277
RésuméMycobacterium simiae is a non-tuberculosis mycobacterium causing pulmonary infections in both immunocompetent and imunocompromized patients. We announce the draft genome sequence of M. simiae DSM 44165(T). The 5,782,968-bp long genome with 65.15% GC content (one chromosome, no plasmid) contains 5,727 open reading frames (33% with unknown function and 11 ORFs sizing more than 5000 -bp), three rRNA operons, 52 tRNA, one 66-bp tmRNA matching with tmRNA tags from Mycobacterium avium, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium microti, Mycobacterium marinum, and Mycobacterium africanum and 389 DNA repetitive sequences. Comparing ORFs and size distribution between M. simiae and five other Mycobacterium species M. simiae clustered with M. abscessus and M. smegmatis. A 40-kb prophage was predicted in addition to two prophagelike elements, 7-kb and 18-kb in size, but no mycobacteriophage was seen after the observation of 10(6) M. simiae cells. Fifteen putative CRISPRs were found. Three genes were predicted to encode resistance to aminoglycosides, betalactams and macrolide-lincosamide-streptogramin B. A total of 163 CAZYmes were annotated. M. simiae contains ESX-1 to ESX-5 genes encoding for a type-VII secretion system. Availability of the genome sequence may help depict the unique properties of this environmental, opportunistic pathogen.
Plan de classementEntomologie médicale / Parasitologie / Virologie [052] ; Sciences fondamentales / Techniques d'analyse et de recherche [020]
LocalisationFonds IRD
Identifiant IRDPAR00010924
Lien permanenthttp://www.documentation.ird.fr/hor/PAR00010924

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