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Publications des scientifiques de l'IRD

2015 - Sciences du monde végétal et animal - Articles

  1. Abat C., Chaudet H., Colson P., Rolain J. M., Raoult Didier. Real-time microbiology laboratory surveillance system to detect abnormal events and emerging infections, Marseille, France. Emerging Infectious Diseases, 2015, 21 (8), p. 1302-1310. ISSN 1080-6040

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  2. Abat C., Raoult Didier, Rolain J. M. Dramatic decrease of Streptococcus pneumoniae infections in Marseille, 2003-2014. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2015, 34 (10), p. 2081-2087. ISSN 0934-9723

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  3. Abdulla S., Adam I., Adjei G. O., Adjuik M. A., Alemayehu B., Allan R., Arinaitwe E., Ashley E. A., Ba M. S., Barennes H., Barnes K. I., Bassat Q., Baudin E., Berens-Riha N., Bjorkman A., Bompart F., Bonnet M., Borrmann S., Bousema T., Brasseur Philippe, Bukirwa H., Checchi F., Dahal P., D'Alessandro U., Desai M., Dicko A., Djimde A. A., Dorsey G., Doumbo O. K., Drakeley C. J., Duparc S., Eshetu T., Espie E., Etard Jean-François, et al. Clinical determinants of early parasitological response to ACTs in African patients with uncomplicated falciparum malaria : a literature review and meta-analysis of individual patient data. Bmc Medicine, 2015, 13, p. art. 212 [16 p.]. ISSN 1741-7015

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  4. Addou N. A., Schumann P., Sproer C., Ben Hania Wajdi, Hacene H., Fauque G., Cayol J. L., Fardeau Marie-Laure. Melghiribacillus thermohalophilus gen. nov., sp nov., a novel filamentous, endospore-forming, thermophilic and halophilic bacterium. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (4), p. 1172-1179. ISSN 1466-5026

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  5. Adler S., Noirot Michel, Fock-Bastide I., Citerne S., Mouille G. Variations in cell wall monosaccharide composition during seed development in Coffea arabica L. : Comparison between Coffea arabica var. Bourbon and Coffea arabica var. Laurina. Trees-Structure and Function, 2015, 29 (6), p. 1871-1881. ISSN 0931-1890

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  6. Adler S., Verdeil J. L., Conejero G., Zaharia I. L., Sarrazin A., Hoareau J., Fock-Bastide I., Noirot Michel. Impact of the laurina mutation in Coffea arabica L. on semi-dwarfism, cell number and hormonal profiles in hypocotyls of seedlings growing under daylight. Trees-Structure and Function, 2015, 29 (4), p. 1197-1205. ISSN 0931-1890

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  7. Aghnatios R., Cayrou C., Garibal M., Robert C., Azza S., Raoult Didier, Drancourt M. Draft genome of Gemmata massiliana sp. nov., a water-borne Planctomycetes species exhibiting two variants. Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, p. art. 120. ISSN 1944-3277

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  8. Ago E.E., Serça D., Agbossou E.K., Galle Sylvie, Aubinet M. Carbon dioxide fluxes from a degraded woodland in West Africa and their responses to main environmental factors. Carbon Balance and Management, 2015, 10, art. 22 [16 p.] ISSN 1750-0680

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  9. Al-Shorbaji F. N., Gozlan Rodolphe, Roche Benjamin, Britton J. R., Andreou D. The alternate role of direct and environmental transmission in fungal infectious disease in wildlife : threats for biodiversity conservation. Scientific Reports, 2015, 5, p. art. 10368 [9 p.]. ISSN 2045-2322

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  10. Albuquerque E. V. S., Bezerra C. A., Romero J. V., Valencia J. W. A., Valencia-Jimenez A., Pimenta L. M., Barbosa Aead, Silva M. C. M., Meneguim A. M., Sa M. E. L., Engler G., de Almeida-Engler J., Fernandez Diana, Grossi-de-Sa M. F. Seed-specific stable expression of the alpha-AI1 inhibitor in coffee grains and the in vivo implications for the development of the coffee berry borer. Tropical Plant Biology, 2015, 8 (3-4), p. 98-107. ISSN 1935-9756

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  11. Ali N., Tavoillot Johannes, Mateille Thierry, Chapuis Elodie, Besnard G., El Bakkali A., Cantalapiedra-Navarrete C., Liebanas G., Castillo P., Palomares-Rius J. E. A new root-knot nematode Meloidogyne spartelensis n. sp. (Nematoda : Meloidogynidae) in Northern Morocco. European Journal of Plant Pathology, 2015, 143 (1), p. 25-42. ISSN 0929-1873

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  12. Alkan C., Alwassouf S., Piorkowski G., Bichaud L., Tezcan S., Dincer E., Ergunay K., Ozbel Y., Alten B., de Lamballerie Xavier, Charrel R. N. Isolation, genetic characterization, and seroprevalence of Adana virus, a novel phlebovirus belonging to the Salehabad virus complex, in Turkey. Journal of Virology, 2015, 89 (8), p. 4080-4091. ISSN 0022-538X

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  13. Allié E., Pélissier Raphaël, Engel J., Petronelli P., Freycon V., Deblauwe Vincent, Soucemarianadin L., Weigel J., Baraloto C. Pervasive local-scale tree-soil habitat association in a tropical forest community. Plos One, 2015, 10 (11), p. e0141488 [16 p.]. ISSN 1932-6203

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  14. Alvarado S.T., Buisson E., Carrière Stéphanie M., Rabarison H., Rajeriarison C., Andrianjafy M., Randriatsivery F.M., Rasoafaranaivo M.H., Raharimampionona J., Lowry P.P., Birkinshaw C. Achieving sustainable conservation in Madagascar : the case of the newly established Ibity Mountain Protected Area. Tropical Conservation Science, 2015, 8 (2), p. 367-395. ISSN 1940-0829

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  15. Andrello Marco, Jacobi M. N., Manel S., Thuiller W., Mouillot D. Extending networks of protected areas to optimize connectivity and population growth rate. Ecography, 2015, 38 (3), p. 273-282. ISSN 0906-7590

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  16. Angel-Cuapio A., Figueroa-Montero A., Favela-Torres E., Viniegra-Gonzalez G., Perraud Gaime Isabelle, Loera O. Critical values of porosity in rice cultures of Isaria fumosorosea by adding water hyacinth : effect on conidial yields and quality. Applied Biochemistry and Biotechnology, 2015, 177 (2), p. 446-457. ISSN 0273-2289

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  17. Angelakis E., Armougom Fabrice, Carriere F., Bachar D., Laugier R., Lagier J. C., Robert C., Michelle C., Henrissat B., Raoult Didier. A metagenomic investigation of the duodenal microbiota reveals links with obesity. Plos One, 2015, 10 (9), p. e0137784 [15 p.]. ISSN 1932-6203

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  18. Ankersen J., Grogan K., Mertz O., Fensholt R., Castella Jean-Christophe, Lestrelin Guillaume, Nguyen D. T., Danielsen F., Brofeldt S., Rasmussen K. Vietnam's forest transition in retrospect : demonstrating weaknesses in business-as-usual scenarios for REDD. Environmental Management, 2015, 55 (5), p. 1080-1092. ISSN 0364-152X

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  19. Antoine P. O., Billet G., Salas-Gismondi R., Lara J. T., Baby Patrice, Brusset S., Espurt N. A new Carodnia Simpson, 1935 (Mammalia, Xenungulata) from the early eocene of northwestern Peru and a phylogeny of Xenungulates at species level. Journal of Mammalian Evolution, 2015, 22 (2), p. 129-140. ISSN 1064-7554

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  20. Arbelaez J. D., Moreno L. T., Singh N., Tung C. W., Maron L. G., Ospina Y., Martinez C. P., Grenier C., Lorieux Mathias, McCouch S. Development and GBS-genotyping of introgression lines (ILs) using two wild species of rice, O. meridionalis and O. rufipogon, in a common recurrent parent, O. sativa cv. Curinga. Molecular Breeding, 2015, 35 (2), p. art. 81 [18 p.]. ISSN 1380-3743

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  21. Arca Mariangela, Mougel F., Guillemaud T., Dupas Stéphane, Rome Q., Perrard A., Muller F., Fossoud Amandine, Capdevielle Dulac Claire, Torres-Leguizamon M., Chen X. X., Tan J. L., Jung C., Villemant C., Arnold G., Silvain Jean-François. Reconstructing the invasion and the demographic history of the yellow-legged hornet, Vespa velutina, in Europe. Biological Invasions, 2015, 17 (8), p. 2357-2371. ISSN 1387-3547

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  22. Aschenbroich A., Marchand Cyril, Molnar N., Deborde Jonathan, Hubas C., Rybarczyk H., Meziane T. Spatio-temporal variations in the composition of organic matter in surface sediments of a mangrove receiving shrimp farm effluents (New Caledonia). Science of the Total Environment, 2015, 512, p. 296-307. ISSN 0048-9697

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  23. Asmar S., Chatellier S., Mirande C., van Belkum A., Canard I., Raoult Didier, Drancourt M. A novel solid medium for culturing Mycobacterium tuberculosis isolates from clinical specimens. Journal of Clinical Microbiology, 2015, 53 (8), p. 2566-2569. ISSN 0095-1137

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  24. Aubertin Catherine. Deforestation control policies in Brazil : sovereignty versus the market. Forests, Trees and Livelihoods, 2015, 24 (3), p. 147-162 [en ligne]. ISSN 1472-8028

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  25. Ayadi A., David P., Arrighi Jean François, Chiarenza S., Thibaud M. C., Nussaume L., Marin E. Reducing the genetic redundancy of Arabidopsis PHOSPHATE TRANSPORTER1 transporters to study phosphate uptake and signaling. Plant Physiology, 2015, 167 (4), p. 1511-1526. ISSN 0032-0889

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  26. Ayouba Ahidjo, Njouom R., Chia J. E., Ahuka-Mundeke S., Kfutwah A., Ngole E. M., Nerrienet E., Delaporte Eric, Peeters Martine. Molecular characterization of a new mosaic Simian Immunodeficiency Virus in a naturally infected tantalus monkey (Chlorocebus tantalus) from Cameroon : a challenge to the virus-host co-evolution of SIVagm in African green monkeys. Infection Genetics and Evolution, 2015, 30, p. 65-73. ISSN 1567-1348

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  27. Baker P. A., Fritz S. C., Silva C. G., Rigsby C. A., Absy M. L., Almeida R. P., Caputo M., Chiessi C. M., Cruz F. W., Dick C. W., Feakins S. J., Figueiredo J., Freeman K. H., Hoorn C., Jaramillo C., Kern A. K., Latrubesse E. M., Ledru Marie-Pierre, Marzoli A., Myrbo A., Noren A., Piller W. E., Ramos M. I. F., Ribas C. C., Trnadade R., West A. J., Wahnfried I., Willard D. A. Trans-Amazon Drilling Project (TADP) : origins and evolution of the forests, climate, and hydrology of the South American tropics. Scientific Drilling, 2015, 20, p. 41-49. ISSN 1816-8957

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  28. Bakhoum N., Galiana A., Le Roux C., Kane A., Duponnois Robin, Ndoye F., Fall D., Noba K., Sylla S. N., Diouf D. Phylogeny of nodulation genes and symbiotic diversity of Acacia senegal (L.) Willd. and A. seyal (Del.) Mesorhizobium strains from different regions of Senegal. Microbial Ecology, 2015, 69 (3), p. 641-651. ISSN 0095-3628

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  29. Balique F., Lecoq H., Raoult Didier, Colson P. Can plant viruses cross the kingdom border and be pathogenic to humans ?. Viruses-Basel, 2015, 7 (4), p. 2074-2098. ISSN 1999-4915

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  30. Balleydier E., Camuset G., Socolovschi C., Moiton M. P., Kuli B., Foucher A., Poubeau P., Borgherini G., Wartel G., Audin H., Raoult Didier, Filleul L., Parola P., Pages F. Murine typhus, Reunion, France, 2011-2013. Emerging Infectious Diseases, 2015, 21 (2), p. 316-319. ISSN 1080-6040

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  31. Bally R., Duponnois Robin. La Grande Muraille verte. In : Mangin L. (ed.) Climat : relever le défi du réchauffement. Pour la Science : Dossier, 2015, (89), p. 44-49. ISSN 1246-7685

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  32. Bamba A., Dieppois B., Konaré A., Pellarin T., Balogun A., Dessay Nadine, Kamagaté B., Savané I., Diedhiou Arona. Changes in vegetation and rainfall over West Africa during the last three decades (1981-2010). Atmospheric and Climate Sciences, 2015, 5 (4), p. 367-379. ISSN 2160-0414

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  33. Barao L., Vandevenne F., Clymans W., Frings P., Ragueneau Olivier, Meire P., Conley D. J., Struyf E. Alkaline-extractable silicon from land to ocean : a challenge for biogenic silicon determination. Limnology and Oceanography-Methods, 2015, 13 (7), p. 329-344. ISSN 1541-5856

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  34. Barbero-Sierra C., Marques M. J., Ruiz-Perez M., Escadafal Richard, Exbrayat W. How is desertification research addressed in Spain ? Land versus soil approaches. Land Degradation and Development, 2015, 26 (5), p. 423-432. ISSN 1085-3278

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  35. Barbier Nicolas, Couteron Pierre. Attenuating the bidirectional texture variation of satellite images of tropical forest canopies. Remote Sensing of Environment, 2015, 171, p. 245-260. ISSN 0034-4257

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  36. Baroux C., Autran Daphné. Chromatin dynamics during cellular differentiation in the female reproductive lineage of flowering plants. Plant Journal, 2015, 83 (1), p. 160-176. ISSN 0960-7412

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  37. Barthès Bernard, Penche Aurélien, Hien E., Deleporte P., Clermont Dauphin Cathy, Cournac Laurent, Manlay R.J. Effect of ramial wood amendment on sorghum production and topsoil quality in a Sudano-Sahelian ecosystem (central Burkina Faso) [plus erratum]. Agroforestry Systems, 2015, 89 (1), p. 81-93; erratum p. 95-96. ISSN 0167-4366

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  38. Bastin J. F., Barbier Nicolas, Réjou-Méchain Maxime, Fayolle A., Gourlet-Fleury S., Maniatis D., de Haulleville T., Baya F., Beeckman H., Beina D., Couteron Pierre, Chuyong G., Dauby G., Doucet J. L., Droissart Vincent, Dufrene M., Ewango C., Gillet J. F., Gonmadje C. H., Hart T., Kavali T., Kenfack D., Libalah M., Malhi Y., Makana J. R., Pélissier Raphaël, Ploton Pierre, Serckx A., Sonke B., Stevart T., Thomas D. W., De Canniere C., Bogaert J. Seeing Central African forests through their largest trees. Scientific Reports - Nature, 2015, 5, p. art. 13156 [8 p.]. ISSN 2045-2322

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  39. Bekliz M., Verneau J., Benamar S., Raoult Didier, La Scola B., Colson P. A new zamilon-like virophage partial genome assembled from a bioreactor metagenome. Frontiers in Microbiology, 2015, 6, p. art . 1308. ISSN 1664-302X

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  40. Bellafiore Stéphane, Jougla C., Chapuis Elodie, Besnard G., Suong M., Vu P. N., De Waele D., Gantet Pascal, Thi X. N. Intraspecific variability of the facultative meiotic parthenogenetic root-knot nematode (Meloidogyne graminicola) from rice fields in Vietnam. Comptes Rendus Biologies, 2015, 338 (7), p. 471-483. ISSN 1631-0691

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  41. Ben Abdallah M., Karray F., Mhiri N., Cayol J. L., Tholozan J. L., Alazard Didier, Sayadi S. Characterization of Sporohalobacter salinus sp nov., an anaerobic, halophilic, fermentative bacterium isolated from a hypersaline lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (2), p. 543-548. ISSN 1466-5026

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  42. Ben Aissa F., Postec A., Erauso G., Payri Claude, Pelletier Bernard, Hamdi M., Fardeau Marie-Laure, Ollivier Bernard. Characterization of Alkaliphilus hydrothermalis sp nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium, isolated from a carbonaceous chimney of the Prony hydrothermal field, New Caledonia. Extremophiles, 2015, 19 (1), p. 183-188. ISSN 1431-0651

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  43. Ben Hania Wajdi, Fadhlaoui K., Brochier-Armanet C., Persillon C., Postec A., Hamdi M., Dolla A., Ollivier Bernard, Fardeau Marie-Laure, Le Mer Jean, Erauso G. Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia. Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, p. art. 12 [7 p.]. ISSN 1944-3277

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  44. Ben Hania Wajdi, Joseph Manon, Fiebig A., Bunk B., Klenk H. P., Fardeau Marie-Laure, Spring S. Caldisalinibacter kiritimatiensis gen. nov., sp. nov., a moderately thermohalophilic thiosulfate-reducing bacterium from a hypersaline microbial mat. Geomicrobiology Journal, 2015, 32 (3-4), p. 347-354. ISSN 0149-0451

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  45. Ben Hania Wajdi, Joseph Manon, Schumann P., Bunk B., Fiebig A., Sproer C., Klenk H. P., Fardeau Marie-Laure, Spring S. Complete genome sequence and description of Salinispira pacifica gen. nov., sp. nov., a novel spirochaete isolated form a hypersaline microbial mat. Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, p. art. 7 [14 p.]. ISSN 1944-3277

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  46. Benavides M., Moisander P. H., Berthelot H., Dittmar T., Grosso O., Bonnet Sophie. Mesopelagic N-2 fixation related to organic matter composition in the Solomon and Bismarck Seas (Southwest Pacific). Plos One, 2015, 10 (12), p. e0143775 [19 p.]. ISSN 1932-6203

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  47. Bertelsmeier C., Avril A., Blight O., Confais A., Diez L., Jourdan Hervé, Orivel J., St Germes N., Courchamp F. Different behavioural strategies among seven highly invasive ant species. Biological Invasions, 2015, 17 (8), p. 2491-2503. ISSN 1387-3547

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  48. Bertelsmeier C., Avril A., Blight O., Jourdan Hervé, Courchamp F. Discovery-dominance trade-off among widespread invasive ant species. Ecology and Evolution, 2015, 5 (13), p. 2673-2683. ISSN 2045-7758

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  49. Bertrand B., Bardil A., Baraille H., Dussert Stéphane, Doulbeau Sylvie, Dubois E., Severac D., Dereeper Alexis, Etienne H. The greater phenotypic homeostasis of the allopolyploid Coffea arabica improved the transcriptional homeostasis over that of both diploid parents. Plant and Cell Physiology, 2015, 56 (10), p. 2035-2051. ISSN 0032-0781

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  50. Bertrand M., Barot Sébastien, Blouin M., Whalen J., de Oliveira T., Roger-Estrade J. Earthworm services for cropping systems. A review. Agronomy for Sustainable Development, 2015, 35 (2), p. 553-567. ISSN 1774-0746

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  51. Bertrand M., Blouin M., Barot Sébastien, Charlier A., Marchand D., Roger-Estrade J. Biocontrol of eyespot disease on two winter wheat cultivars by an anecic earthworm (Lumbricus terrestris). Applied Soil Ecology, 2015, 96, p. 33-41. ISSN 0929-1393

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  52. Bes M., Merrouch M., Joseph Manon, Quéméneur Marianne, Payri Claude, Pelletier Bernard, Ollivier Bernard, Fardeau Marie-Laure, Erausol G., Postec A. Acetoanaerobium pronyense sp. nov., an anaerobic alkaliphilic bacterium isolated from a carbonate chimney of the Prony Hydrothermal Field (New Caledonia). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (8), p. 2574-2580. ISSN 1466-5026

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